(苦读书 www.kudushu.org) 于是刘裕又用了一条妙计，什么计呢？就是
“空城计”他便在一天夜里命城中的军队放下旗帜，隐藏起来，做出已经撤退的姿态。
第二天早上打开城门，让几个没有战斗力的老弱之兵登上城楼镇守。孙恩的部下看到城楼上的变化，深感惊奇，便远远问道：“刘裕哪里去了？”城头的士兵依照事先的嘱咐答道：“已经连夜率部跑了。”孙恩的部众一听是大喜过望啊，这个克星可算是跑了，一时间也没有细想，就入城了，结果刚一进去，刘裕一马当先率领伏兵杀出，贼兵措手不及，被杀得大败而逃，经过这次战斗，孙恩彻底失去了击败刘裕的信心，于是率军往沪渎垒，今天上海市旧青浦镇西，宋代已沉入江中。
刘裕弃城追击，这时，出来一位不知好歹的人，他就是海盐的县令鲍陋-_-|||，这个名字。
。。这家伙不知自己吃几碗干饭，看刘裕老打胜仗了，以为孙恩也不过如此，就坚持让自己的儿子鲍嗣之率领一千兵作为前驱人马追击孙恩，刘裕劝告说：“贼兵甚精，吴人（吴地的人，指当地人）不习战。若前驱失利，必败我军，可在后为声援。”鲍陋听不进去，坚持让自己的儿子去，这天的晚上，刘裕预先设伏，多设置了许多的旗鼓，但一处不过数人而已，第二天孙恩一看追兵到了，就率万人迎战，前驱刚刚交锋，刘裕的伏兵四出，摇旗鸣鼓，孙恩的部众以为四面都有埋伏，于是撤退了，鲍嗣之不知好歹，就去追击了，孙恩一看：“丫的，老子打不了刘裕还打不了你么？！”于是率军大杀一阵，鲍嗣之变成
“暴死之”了，他那一千人也完蛋了。随后赶到的刘裕也被包围了，这时孙恩已经知道刘裕的人马不多，于是包围了刘裕，刘裕且战且退，部队伤亡殆尽，刘裕也觉得自己可能要战死了，退到伏兵的地方，刘裕一看满地都是阵亡士兵的尸体，顿时有了一计，他让士兵停止撤退，脱取阵亡士兵的衣物，敌人一看，很意外，以为还有伏兵，刘裕趁机大喊着杀向贼兵，于是孙恩的部众以为又中了刘裕的埋伏，慌忙退去了，于是刘裕徐徐归城，招集败兵，人马又稍稍集结了些。
《宋书·卷一·本纪一·武帝上》是这样记载的【高祖且战且退，贼盛，所领死伤且尽。
高祖虑不免，至向伏兵处，乃止，令左右脱取死人衣。贼谓当走反停，疑犹有伏。
高祖因呼更战，气色甚猛，贼众以为然，乃引军去。高祖徐归，然后散兵稍集。
】高祖就是刘裕的庙号。诸葛亮的空城计是虚构，刘裕版的
“空城计”可是货真价实，从这里可以看出，刘裕已经具备了一个名将的素质，不但善于打胜仗，而且善于打败仗！
你可能奇怪，怎么打败仗还分善不善于打呢？其实，败仗不可怕，可怕的是溃败，一败就全打散了不可收拾，许多惨败就是因为失败后的溃散造成的，刘裕能够做到败而不乱，重新招集了人马，这是非常难得的。
孙恩没能打败刘裕，不过终于在五月击破了沪渎垒，同月刘裕又在娄县，今江苏昆山东北打败了贼兵，孙恩呢，乘着攻破沪渎垒的锋锐，一路上收编掳掠了十余万的士兵和许多楼船（楼船是一种具有多层建筑和攻防设施的大型战船，外观似楼，故名楼船。
汉代大型战舰
“楼船”高十余丈。当时一尺是23厘米，一丈是230厘米，十余丈接近30米，比一般的五层楼房还要高。
三国时东吴建成五层战船，可载兵3000人。楼船不仅外观巍峨威武，而且船上列矛戈，树旗帜，戒备森严，攻守得力，宛如水上堡垒。
）进军到了丹徒，今天江苏镇江丹徒区，刘裕也是镇江人，所以也算他的老家了，这时刘牢之驻兵在山阴（今浙江绍兴），来不及增援，便命刘裕从海盐倍道（兼程而行;指一日走两日的路程）前行，阻击孙恩。
当时刘裕的兵力大概只有千人，长途奔袭，而丹徒的守军毫无斗志，孙恩的人马有十余万人，可是刘裕一无所惧，照样痛击孙恩！
孙恩的人马刚刚登上蒜山，今天镇江长江路西的一座小山，居高临下，占据了有利地形，以为攻打丹徒易如反掌了，没想到马上遇到了刘裕的攻击，掉到山岩下、水里的有许多，一时间伤亡惨重，孙恩狼狈逃回了楼船上，虽然又一次被打败，但他的实力仍然相当雄厚，于是坐着楼船向建康进发，因为逆风行驶不利，又听说刘牢之已经回师，知道东晋有了防备，于是挥军向北占领了郁洲，今连云港市北云台山附近，这年八月，东晋封刘裕为建武将军，五品，下邳pī太守，让他攻打郁洲。
刘裕果然是孙恩的克星，在郁洲大破孙恩，孙恩率残兵南逃泸渎垒，十一月，刘裕追击到了泸渎垒，孙恩又逃往海盐，（孙恩：我逃，我逃，我逃逃逃！
刘裕：你再能逃我也能灭了你！）经过三次大战，刘裕大获全胜，俘虏了万余人，这时孙恩也倒霉，遇到了瘟疫，剩下的残兵败将又死了不少，于是从浃jiā口，今天宁波镇海口逃往临海，从此一蹶不振，后来投水自杀，
“登仙”去了，他的余众推举他的妹夫卢循为首领，后来给刘裕还造成了挺大的麻烦，这是后话了。
这对于刘裕来说仅仅是个开始，一场军事政变，让这个军事将领成为了历史的第一主角儿。
这还要从桓玄篡位说起，桓玄字敬道，小名灵宝，东晋大司马桓温的小儿子。
自幼深受桓温钟爱，以至桓温临终时一反长子继承的常规，命当时年仅四岁的桓玄为继承人，袭南郡公的爵位。
桓玄七岁时，守丧三年期满，原桓温属下的文武佐吏都来向桓玄叔父，荆州刺史桓冲告别。
桓冲抚摸着桓玄的头告诉他：“这些人都是你家的故吏！”桓玄应声痛哭，哀动左右，众人无不惊异。
数年之后，桓玄长得容貌不凡，仪表堂堂，风度翩翩，学识广博，又能写一手好文章。
他自恃门第高贵，才华出众，常常以英雄豪杰自居，令人望而生畏，朝廷也有所疑虑而不加擢用。
直到23岁，才被拜为太子洗马。时人纷纷议论桓温晚年有不臣之迹，桓玄兄弟因此遭到排挤，朝廷只让他们作些无权的闲散官。
一次，桓玄去拜见琅邪王司马道子，正值饮宴，宾客满座。司马道子喝得醉醺醺地，突然问众人道：“桓温晚年是不是想造反？”桓玄吓得拜伏在地，不敢起身。
琅邪王骠骑长史谢重举起手板回答说：“已故宣武公（桓温）废昏立明，功过伊尹、霍光，人们的种种议论，应当有所识别。”道子点头，桓玄这才爬了起来。
从此，桓玄的心中更加惴惴不安，对司马道子怀恨在心。后来他担任了义兴太守，他不屑于干这么个小官，于是辞职回江陵，就是现在的荆州市，那里是桓家的老地盘儿，于是他在江陵发展自己的势力，先后消灭了荆州刺史殷仲堪、雍州刺史杨佺期等敌对势力，独霸荆州，在孙恩暴乱时，他屡次请求出兵，东晋朝廷惧其势大，没有答应。
孙恩退兵后，他给司马道子写了封信，狠狠责备了司马道子和他儿子司马元显一顿，父子俩非常恐惧，司马元显有个谋士叫张法顺，劝他先发制人，以以刘牢之的北府兵为前锋，出兵讨伐，必能搞定桓玄。
司马元显迟疑不定，恰好桓玄的部下、武昌太守庾楷送来一份大礼，主动请缨做内应，配合朝廷方面的军队夹击桓玄。
司马元显大喜，便在晋安帝元兴元年（公元402年）正月称诏将桓玄的罪状罗列一遍，大举水陆两路讨伐。
结果因为桓玄的堂兄桓石告密，使得桓玄有了准备，（原先司马元显打算把桓氏子弟除掉，结果因为他的手下王诞说情而没有下手，终于为后来自己的败亡埋下祸根，所以在政治军事斗争中千万不能仁慈，否则就是自己找死）桓玄一见朝廷发重兵讨伐，心里也有些没底，于是打算固守江陵，徐图对策，那么他能抵御朝廷的征伐么？
司马元显又会怎么对付他呢？
403年二月，桓玄为提高威望，上表请率领诸军扫平河、洛（河南、洛阳，这里指中原地区）然后指使朝廷下诏制止，便称
“奉诏故止”。九月，使朝廷拜自己为楚王，封十郡（划出十郡作为自己的封国）加相国、加九锡（九种礼器，是古代君主赐给大臣、诸侯的，一曰车马，指金车大辂hé车辕上用来挽车的横木，和兵车戎辂，金车，应该是指青铜车，玄牡mǔ公的鸟兽，二驷，一驷是四匹，驷马难追就是这个驷，玄，是黑，也就是黑马八匹、二曰衣服，指衮gǔn绣有龙的礼服，冕之服，加上配套的赤舄（xì鞋)一双、三曰乐则，指定音、校对音的器具、四曰朱户，指红漆大门、五曰纳陛，有两种说法，一是登殿时特凿的陛级，使登升者不露身，就好像贵宾专用通道。
二是阶高较矮的木阶梯，使登阶别太陡、六曰虎贲（bēn）勇士、侍卫，守门之军虎贲卫士若干人、七曰弓矢，彤，红色弓一把，矢，也就是箭，百枝，玄弓矢千，黑色的弓一把，箭千枝、八曰斧钺，钺是大斧、九曰秬jù鬯chàng指供祭礼用的香酒，以稀见的黑黍shǔ就是小米和郁金草酿成）楚国置丞相以下官属等等这一套形式，他上表请求返回藩镇，然后自作诏挽留，再上表固请，逼皇帝出手诏坚留（其实当时的皇帝晋安帝司马德宗是个超级大白痴，到了寒暑不知，话也不会说的程度-_-|||，那个晋惠帝司马衷比起他来，真是小白见大白了，倒很想知道这么个白痴写的手诏会是个什么样子的^_^）桓玄还暗中指使人献所谓祥瑞，他生性贪婪无厌，喜爱奇珍异宝，终日珠玉不离手，别人有好字画及佳园美宅，都千方百计地据为己有，不好意思当面抢夺，就以赌博为手段，变着法儿夺取。
又喜欢阿谀奉承，厌恶臣下进直言。。。可笑的是，他认为以前改朝换代的时候，天下都有隐士，眼下没有隐士很没面子，就派人找来前朝隐士皇甫谧mì的后裔皇甫希之，拨了经费，让他去山里面隐居；然后再征召他做着作郎，让他
“固辞不就”；最后下诏封他做
“高士”对这家伙已经无语了。。。正当桓玄得意之际，一连串的打击接踵而至：先是被他视为左膀右臂的兄长荆州刺史桓伟突然病死；接着殷仲堪的余党、新野人庾yǔ仄zè聚众七千，起兵襄阳，赶走了守将冯该；南蛮校尉庾彬等人谋为内应，江陵震动；桓玄之侄桓亮也以讨伐庾仄为名，乘乱起兵罗县，自称平南将军、湘州刺史，这两次事（百度二比）件虽很快被平定下去，但却给桓玄以巨大的精神压力，所以他决定立即进行禅让。
不过他对北府兵的将领，特别是刘裕的态度是否支持呢？他的心里没有底，此时的刘裕已经继刘牢之之后成为北府兵的领袖人物了，他的态度举足轻重！
于是他派堂兄桓谦赶赴彭城去问刘裕：“楚王德高望重，朝廷的意思是要禅让，你认为怎么样？”刘裕这时已经看出桓玄不是个成大业的人，就想干掉他，为了麻痹桓玄，回答说：“楚王是宣武（桓温的谥号）之子，勋德盖世，晋王室衰微，早失民望，趁机禅代，有什么不可以！”桓谦大喜，说：“你说可以就是真可以了！”楚王勋德隆重，四海归怀。
朝廷之情，咸谓宜有揖让，卿意以为何如？”高祖既志欲图玄，乃逊辞答曰：“楚王，宣武之子，勋德盖世。晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可！”谦喜曰：“卿谓可尔，便当是真可尔。”那么刘裕怎么又到了彭城？
这段时间他又在做什么呢？前面说过，孙恩挂了以后，他的妹夫卢循被推举成了首领，桓玄为了安抚他，想求个宁静，就封了他永嘉太守，不过卢循虽然当了官儿，仍然不改流寇作风，暴行依旧。
所以桓玄派刘裕去讨伐他，卢循和孙恩一样，是见刘裕必败的主儿，经过几次大败他只得又南逃回了海岛上。
桓玄得到了刘裕的支持，在403年12月称帝，建国号
“楚”把晋安帝司马德宗迁居到寻阳(今江西九江西南)封了个平固王，追尊其父桓温为宣武皇帝，庙号太祖；立其妻刘氏为皇后，大封桓氏兄弟子侄为王，文武加官进爵。
随后迁居建康宫，修缮宫室，大兴土木，为炫耀自己的聪明，百官奏事或一字写得不合体，或语句有些毛病，都要挑出来指摘一番，甚至贬官降职，事必躬亲，或亲自安排值日官，或自选令史一类的小官，诏令一道接一道，主管官员应接不暇。
而朝纲大事不抓，法度不立，奏案堆积如山。他又喜欢游猎，常常夜以继日，性情又急躁，呼唤召谁都非常严厉，刻不容缓，宫内一片喧哗，不成体统。
百姓疲累，朝野怨怒想造反者十有八九。当时他的堂兄桓修去朝见他，刘裕随同也到了，桓玄为了笼络刘裕，厚待了他，他对司徒王谧mì说：“昨天见到刘裕，他的风骨（风度、气质）不平常啊！真是位人杰！”有人对他说：“刘裕走路行动时有龙虎那样的气势，顾盼的神态不凡啊！恐怕不是个久在人下的人，应该早想办法除掉他”
“刘讳龙行虎步，视瞻不凡，恐不为人下，宜蚤为其所。”
不过卢循得便宜还卖乖，派人送给刘裕一大篓“益智粽”（你丫就是那蔡明小品里的“缺心眼子”吃这个补补脑吧！）刘裕市井出身，当然明白其中含义，便回赠卢循一大坛“续命汤”中药（且，刘爷偶先留你一条命，让你小子再多活些几年，等偶有空一定去废了你！）
就在当月，刘裕出镇丹徒，这样既安全，因为待在自己的大本营里，又方便，在自己地盘上谋划个什么事情都很方便，不怕泄密，一举两得。
这时，刘裕的铁丝刘敬宣听说桓玄挂了，也从南燕回到了东晋，刘裕又得了一员大将。
刘裕针对东晋混乱的情况，利用自己的威势大加整顿，同时自己以身作则，使得东晋的政治状况在很短的时间里大为改观了。
刘裕在外交方面也取得了空前胜利。他派使臣出使后秦，以平等姿态向姚兴示好，并要求讨还原为东晋领土的南乡（陕西西乡县南）诸郡。姚兴大儒出身，竟出人意料地答应交还如许一大片土地。
内政安定了，该对外用兵了，当时谯纵割据四川，而且卢循与他联系密切，桓玄的堂兄桓谦在兵败后也入梳投奔了谯纵，这对刘裕构成了威胁，为此，在义熙二年，406年刘裕派司马荣期统兵讨伐谯纵，此次伐蜀乃是过后两年刘敬宣伐蜀的前奏，马荣期首战进击白帝，攻破谯明子，占领白帝城。紧接着，刘裕以龙骧xiāng将军毛修之统军，作为增援。毛修之行至宕渠，司马荣期为参军杨承祖所杀。修之遂退屯白帝，与汉嘉（今四川彭水县东）太守冯迁合兵击杀杨承祖，并准备继续进讨。但继任的益州刺史鲍陋，却在白帝滞留不前。于是毛修之上表朝廷，力主讨伐。毛修之祖父毛虎生、伯父毛璩、毛均曾任益州刺史，父亲毛瑾为梁州刺史，毛氏家族在益、梁地区曾经营了很长时间，后谯纵之乱，璩、瑾皆为谯纵所害，因此毛修之主张讨伐，怀有报复私仇的动机。
毛修之上表后，刘裕一则考虑到如果让谯纵、卢循、桓谦等人联合起来，将是自己非常大的威胁，二则也考虑到毛修之的可怜之情，遂派刘敬宣率五千人伐蜀，以刘道规为征蜀都督。
刘敬宣不负刘裕所望，身先士卒，转战千里，无所不克，一直打到离成都500里的黄虎（今四川绵阳东南涪江畔）谯纵的辅国将军谯道福坚守不战，与刘敬宣相持了俩来月，恰好此时刘敬宣的部队又开始流行瘟疫，刘敬宣只好无奈的撤退了。
刘敬宣败归后，刘毅主张治他重罪，当初刘毅少年时，给刘敬宣当参军，当时不少人都认为刘毅是个豪雄人物，可是刘敬宣很不以为然，刘毅深为怀恨，再加上刘敬宣是刘裕得力的大将，为了打击刘裕（他很有学问，博涉书史，自以为不比刘裕差，很想和他争雄）所以他坚持要重办刘敬宣，不过在刘裕和何无忌的保护下，最终刘敬宣只是被免官，封地减少三分之一。
义熙三年十二月，司徒王谧去世，本来应该刘裕成为辅臣，也就是实际的宰相，但刘毅不想让刘裕进入中央政（百度二比）府，打算让中领军，（这个在说赵云时讲过）谢混担任扬州刺史，也有人打算让刘裕在丹徒兼管扬州，而把朝中的政务交给孟昶管理。朝廷特意派尚书右丞皮沈带着这两个方案，前去征求刘裕的意见。皮沈首先拜见了刘穆之，把朝廷讨论的情形全部告诉了他。刘穆之假装起身上厕所，秘密地写了一张条子给刘裕：“皮沈说的话，千万不要同意。”刘裕召见皮沈后，暂时先让他出去，又把刘穆之叫进去询问。刘穆之说：“晋朝对朝政失去控制，时间已经很久了，现在上天的福运已经转移，您兴复皇家的事业，功勋高得与万古同在，既有了这样的大功，就应该有与之相称的大位。功勋大地位高，不是可以持久的，以公您今天的形势，怎么可以总是谦让来削弱自己，遂做一个藩镇将领呢？刘、孟诸公，和公您都是起自布衣（老百姓）共同起兵，为的是匡扶君主，以取富贵，因为起义时您是最先的，所以他们推举您做了盟主，并不是真的心服您，只是一时因为形势的关系，定下了现在的地位，等他们和您力量势均力敌时，肯定要想吞并您的，扬州是根本所在，上次把它交给王谧，是一时的权宜之计，并不是始终都要这样的！现在如果还把它交给别人，就应该受制于人了，权柄一旦失去，再想得到就不可能了。而公的功勋非常高，不可只如此的，那么朝廷对您的疑虑畏惧交加而至，将来的危难实在无法想象了！现在朝廷这样商议，您理应表明一下态度，作出回答。但是如果说只有我自己合适，又未免难于启齿，所以只有这样说：‘中央地区是治理国家的根本所在，辅佐君王的宰相一级官员，地位非常重要。选定这样的官员既然如此重大，便决不可以在外地随便发几声空议论敷衍，最近我打算抽时间前往京都，再与你们一起充分地交换意见。’您到了都城，他们一定不敢越过您再把这官职交给别的人。”于是刘裕照做，果然，朝廷征召刘裕任侍中、车骑将军（二品，次于大将军、骠piào骑将军，开府仪同三司是一种荣誉虚衔，指开府，设立自己的幕府，礼仪同于三司，司空、司马、司徒）也就是扬州刺史、录尚书事，他原来的徐、兖二州刺史的职务仍然兼任。
这一战，晋军阵斩南燕大将段晖等十余人，斩获其他士兵等千余人，慕容超被吓破了胆！
刘裕乘胜又攻取了广固的外城，慕容超只能退守内城了。于是晋军构筑其环绕整个城池的工事，内外筑起了三层壕沟，高沟高三丈，可以说是连鸟儿也飞不出去了！
刘裕派人告知东晋，停止运输粮草，就近在南燕取食。到了七月，慕容超的大将垣遵、垣遵弟垣苗率众归顺，刘裕准备攻城的器具，城上的人见了说：“你得不到张纲，能有什么作为呢？”张纲是慕容超的大臣，是个发明家，恰好这时慕容超派他去向后秦姚兴称藩臣，请求援助，姚兴虽然答应了，但是心里忌惮刘裕，没有发兵，张纲从长安回来时，被泰山郡（今山东泰安东北）太守抓住，送给了刘裕，这下，这个工程师派上了用场，刘裕立即让他大造攻城器械，慕容超求救不成，反而损失了张纲，心里非常忧惧，他写信给刘裕，请求向东晋称藩，把大岘关以南的土地全部割给东晋，刘裕这时想的是灭了南燕，自然不会答应。
此时，姚兴派使者来见刘裕，恐吓说：“慕容超是我们的友好邻邦，他来告急，现在我们派铁骑十万，集结在洛阳，如果你们不退的话，我们就发兵了。”刘裕回答说：“告诉姚兴，我平定南燕以后，休整三年，当去扫平关中、洛阳，现在你们自己送上门来，就快些来吧！”当时刘穆之也在军中，听说此事，急忙来见刘裕说：“平常事无大小，肯定和我商议，这件事情应该好好仔细商议的，怎么这么仓促就回答了呢？公答复姚兴的话，不能威慑敌人，正可以激怒敌人，如果南燕没有及时攻下，后秦的救兵又到了该怎么办呢？”刘裕回答说：“这是兵机，不是你所了解的，所以不和你说，兵贵神速，如果他们真的派人来，应该怕我知道，现在却派使者来告知，这不过是虚张声势而已”果然是天亡南燕。
姚兴确实不是仅仅虚张声势，他还真派大将姚强率一万精骑前往洛阳，准备与当地的姚绍一起合兵，前来广固救慕容超。
不巧的是，赫连勃勃大败秦兵，姚兴自顾不暇，忙追还姚强的精兵还卫长安。
韩范见状大叹：“真是天亡燕国啊！”正好，刘裕密使赶到，思忖一番，韩范便归降东晋。
刘裕派人用车拉着他在城下转了一圈儿，城上的人见了，彻底傻眼了。
就这样，刘裕一直围困到了410年二月，才开始攻城，很快就攻破了，慕容超率数十骑逃跑，被晋军抓住，刘裕历数他不降的罪状，慕容超没有说话，只是把母亲托付给刘敬宣，当年他与刘敬宣同在后秦，有过交情，然后刘裕把他让人把他押到建康斩首。
刘裕痛恨广固久攻不下，想把城里的人全部坑杀，韩范劝道：“晋朝皇室南迁，中原就像在鼎里煮沸了那样混乱，老百姓没有援助，只能谁强大就依附于谁，既然是南燕的臣民，就必须为之尽力，他们都是原来汉人旧族，先帝的遗民，现在王师是为了吊民伐罪，（慰问老百姓，讨伐有罪的人）如果把他们都坑杀了，怎么能使人归附呢？恐怕西北的人都不想来了”于是刘裕改容谢之，赦免了百姓，不过把王公大臣、宗室等杀了三千余人，慕容家估计一个没剩，这么做残忍了些，但是，这是必须的！
对敌人的仁慈，就是对自己的残忍，当年苻坚对亡国贵族一个没杀，淝水之战后这些人一个个全都起来反叛，偌大一个帝国很快崩溃了，如果刘裕也饶过他们，说不定啥时候他们就起来造反了。
就在这时，刘裕的后方出事儿了，原来，徐道覆得到刘裕北伐的消息，便写信劝卢循趁虚而出，袭取建康，卢循还做着偏安梦呢，没有听他的劝告，于是他亲自到番禺（yú今天广东番禺）劝说卢循说：“咱们现在住在岭南（所谓岭南是指五岭之南，五岭由越城岭、都庞岭（一说揭阳岭）萌渚zhǔ岭、骑田岭、大庾岭五座山组成。大体分布在广西东部至广东东部和湖南、江西五省区交界处，此处指广东地区）这里，可不是个正理啊！正因为是刘公太厉害，咱们难以和他为敌啊，现在他打攻坚战，还不知何时回来，现在咱们的士兵都想回到家乡，以这样思归的士兵，袭击何无忌、刘毅，那是易如反掌。如果不趁这个机会而只顾保一日的平安，若等刘公平定了齐地（南燕地属于春秋战国时代的齐国）稍微休整一二年，肯定奉诏征伐您，如果刘公亲自率军至豫章（南昌）遣精锐部队过岭南，就算将军您英明神武，恐怕也肯定打不过呀！今日的时机，千万不可失去，一旦攻克了首都，他的根据地也就没有了，到时刘公虽然回来，也无能为力了”卢循一听，恍然大悟，马上行动起来，就在当月，徐道覆攻打南康（江西南康市）庐陵（江西吉安市）豫章，几郡的太守都城逃走了，卢循则率军越五岭，经长沙、巴陵(今湖南岳阳)直指江陵，击败刘道规。
东晋朝廷慌忙征召刘裕回师，此时徐道覆的军队已经开到了豫章附近，何无忌这时正驻守寻阳（江西九江）闻报急于出战，因船小不敌徐道覆的大船，又遇到西风，小船被吹到徐道覆的大船附近，晋军很快溃散，何无忌当场战死。
何无忌死得非常勇烈，《晋书·何无忌传》：“无忌尚厉声曰：‘取我苏武节来！’（一种节杖，最早是汉代苏武所持）节至，乃躬执以督战。贼众云集，登舰者数十人。无忌辞色无挠（弯曲，指敌人登舰后，何无忌也没有屈服）遂握节死之。何无忌的死讯传来，东晋朝廷大为震惊，甚至打算放弃京城，向北投奔刘裕，幸好刘裕已经得到诏书，留下刘穆之、南燕降将韩范、封融等人，自己率大军南归。（刘裕走后不久，刘穆之就以谋反为名将韩、封等人捕杀。）到了下邳，用船载了辎重，自己率领步军先归，刘裕回到山阳郡（江苏淮安）时，听说了何无忌战死的消息，于是和数十人日夜兼程到了淮上（安徽蚌埠淮上区）向行人打听消息，行人说：“贼兵还没有来，如果刘公回来了，就没有可忧虑的了”（这里可以看出，刘裕已经赢得了百姓的尊敬和信任）刘裕一听大喜，随即坐船过了长江，回到京口，四月，刘裕回到京师，东晋朝廷这才松了一口气。
这时，刘毅又遭败绩，怎么回事呢？原来卢循、徐道覆起兵时，刘毅正好有病，他的病一好，马上上表请求南征，刘裕怕他有失，亲自给他写了封信：“我以前经常击妖贼（指卢循、徐道覆）知道他们的变化情况，他们新近取胜获利，锋芒不可轻视，我现在正在准备船只，等完工后和你一起发兵，等平定了卢循，长江上游的大权都交给你。”刘裕遗毅书曰：“吾往习击妖贼，晓其变态。贼新获奸利（通过奸诈的手段获得的利益，贬称）其锋不可轻。今修船垂毕，当与弟同举。克平之日，上流之任，皆以相委。”又派了他的弟弟刘藩去阻止他，刘毅得信后，大怒，说：“以前因为一时的功劳不及刘裕，所以推让他，你便因为我真不如刘裕么！”毅怒，谓籓曰：“往以一时之功相推耳，汝便谓我真不及刘裕邪！”说完，把刘裕的信扔在地上，坚持出发。
这时卢循的西路军已经攻下巴陵，正要攻打江陵，徐道覆的东路军则已逼近寻阳，听说刘毅来了，立即派快马通报卢循说：“刘毅兵众很多，成败之事在此一举，你我应该合力对抗。此战若捷，则天下可定，江陵更不足忧了。”卢循十分高兴，便从巴陵顺江而下，与徐道覆联兵一处，共同进军，与刘毅的军队在桑落洲（今江西九江东北）大战。
卢循的两路水军有十万之多，刘毅完全不是对手，一败涂地，丢了船只，带了几百个随从步行逃走，其余部众、船只、武器都被卢循缴获。
卢循刚到寻阳，听说刘裕回来了，开始不信，后来审问俘虏，知道刘裕真回来了，大惊失色，于是就想据守此地，拿下江陵以对抗刘裕，徐道覆坚持应该乘胜而进，卢循犹豫了多日才听了他的话，他们乘胜进军江宁，逼近建康，卢循军这时拥兵十余万，战船连绵百里，声势浩大，建康城内的兵力只有几千人，众寡悬殊，朝中要求北迁者如诸葛长民等越来越多，包括曾经支持刘裕的孟昶，也强烈要求北迁。
刘裕回答说：“现在外重镇已经失去，内有强寇来逼，大家都很害怕，没有固守的意志，若一旦迁动，那么马上就会土崩瓦解，江北又怎么能到得了呢！就算到了江北，也不过多延缓几天，现在兵力虽然少，也足以一战，如果获胜了，那么没的说，如果万一失败了，那么我当以死捍卫社稷，横尸在太庙（皇帝的家庙，皇帝祭祀祖先的地方）门前，遂我素来以身许国的志愿，肯定不能远窜到草间苟活，我已经决定了，你不要多说了！”
孟昶回府后，写了一封谢罪的表文，然后就自杀了。于是刘裕开始招募士兵，发动居民修筑石头城，全城戒（百度二比）严，有人建议刘裕分兵据守各处要害，刘裕说：“贼众我寡，若分兵的话，就会被对方探测到虚实，且一处失利，三军的军心士气都会沮丧了，现在聚众在石头城，随机应付，贼人就不知我们兵力多少，兵力又不致分散，分兵的事，还是以后再讨论吧”刘裕一面招募士兵，一面加紧修筑查浦、药园、廷尉三处堡垒，加强防御。
再说徐道覆，他不但有识，而且有胆。他知道己方已处绝对优势，而刘裕的军队为伤病困扰，还在休整之中，正是毕其功于一役的时机，便向卢循请求，从新亭、白石烧船上岸，分几路进攻建康，与刘裕决战，但卢循却犹豫不决，于是徐道覆叹息说：“我终为卢公所误，事必无成；使我得为英雄驱驰，天下不足定也！”（
“我终究为卢公所误，大事肯定无成；如果使我能够为英雄所用，平定天下也不算什么。”）果然，等到堡垒修成，卢循再来攻打就接连失利，退回寻阳，刘裕遣王仲德、刘钟、蒯kuǎi恩三将追击，同时开始大造战船。
卢循又派他的大将荀xún林攻打江陵，桓谦也和谯道福从四川率军两万和荀林会和，刘道规击破桓谦，在枝江（湖北枝江市）斩杀了他，又大破荀林于江津（重庆市江津区）在竹町tng(此地不可考，大家将来有机会去江津区附近打听一下）斩杀了他。
当初卢循退走，刘裕知道他肯定要攻打江陵，于是派淮陵（江苏盱眙xūyí县西北八十五里）内史索邈miǎo率领骑兵援荆州，又让建威将军孙季高率众三千，自海道袭番禺，卢循的军队北上，几乎是倾巢出动，番禺的防守早被忽略，番禺很快失守，十月，刘裕率军南伐，在雷池（安徽望江县东南10公里）大破卢循，徐道覆攻江陵又被刘道规打败，卢循逃回豫章，在在左里一带（今江西都昌西北）筑起栅栏，却挡不住刘裕新建水军的强大攻势，死伤惨重，卢循只坐了一条小艇逃跑。
卢循与徐道覆退到广州境内，还想负隅顽抗。义熙七年（公元411年）初，徐道覆的始兴城被晋军攻破，徐道覆战死。
卢循攻不下孙处固守的番禺，继续退入交州，最终被逼到龙编（今越南河内东）的一条河边，投河自尽，卢循就这样结束了他可耻的一生。
北平南燕，南灭卢循，刘裕又一次为东晋立了大功，东晋于是加封他为太尉（三公之一，主管军事，和
“都督中外诸军事”的不同在于，后者是遇到重大军事行动，或者有重要的权臣而设的，并不是任何时期都有，而太尉不同，它是常置的）中书监（中书省的长官，与中书令类似而位略高，也是宰相的头衔）这时，外患没有了，刘裕和老战友的矛盾也就尖锐了，在当初讨桓玄的诸人中，何无忌、孟昶已死，能对刘裕构成威胁的也只有刘毅和诸葛长民了，而对刘裕威胁最大的，就是刘毅，此人颇有才略，自视甚高，以为自己才能不在刘裕之下，所以常有不平之意，总想和刘裕争个高下，此时刘毅新败，在功劳上就逊了刘裕一筹，于是就想出镇大州，形成割据势力以对抗刘裕。
恰好这时荆州刺史刘道规告病回乡，刘毅趁机要求代替他的职位，刘裕答应了他，任命他为卫将军，都督荆、宁、秦、雍四州诸军事，并转为荆州刺史，而把豫州刺史的头衔给了自己。
刘裕的这一招，看起来是给刘毅升了官，并把长江中上游的兵权在名义上交给了他，实际上呢，却不是一般的精明，刘裕用的是欲擒故纵的办法，想对付刘毅暂时没有借口，不如把他外放让他扩展自己的力量，在时机成熟时才一举消灭他！
果然，刘毅上当了，在将要赴任时，他对刘敬宣说：“吾忝（tiǎn，羞愧，谦词）西任（荆州在建康西）欲屈卿（卿，对朋友、部属比较亲昵的称呼，和帝王称臣子的卿不同）为长史、南蛮，岂有见辅意乎？”（我将要担任荆州刺史了，想委屈你担任我的长史、南蛮校尉，不知你肯辅佐我么？
）刘敬宣一听，辅佐你？这明显是拉拢我啊，是不是这家伙对刘公有什么想法，想造反吧？
！心里一害怕，支吾了几句，马上去告诉了刘裕，刘裕一听，笑着说：“但（但，肯定）令老兄平安，必无过虑。”刘裕此时，早已经打好了主意，就等着刘毅进圈套呢！
果然，刘毅上表说荆州在桓玄之乱后户口数量急剧下降，兵器也少，要想组建军队不太容易，要求再都督交、广两州，刘裕同意。
刘毅继而要求任命亲信郗僧施为南蛮校尉、后军司马，毛修之为南郡太守，刘裕照旧同意。
宁远将军胡藩认为刘毅是个不甘为人下的人，早晚是要造反的，劝刘裕早些除掉他，刘裕说：“吾与刘毅俱有克复之功，其过未彰，岂可自相图也。”这话说得很耐人寻味，俱有克复东晋江山的大功，因为刘毅的
“过”未彰显，所以才不可自相图，那么如果他的过已彰了呢？刘裕等的就是已彰的那一刻，他没有等太久，刘毅抵达江陵，重新调整当地的官员，换上自己的亲信，并收编了一批江州兵，大约一万多人，故意留在手中不遣返。
他又以自己染病为由，向朝廷上书，要求把从弟刘藩从广陵调来作副手，刘裕又一次假意答应，暗中开始行动。
刘藩进京受职，刘裕便以诏书的名义，指责刘毅图谋不轨，反叛之心日久，刘藩、尚书左仆射谢混等人便是同党，不可宽恕。
刘藩和谢混半个
“反”字还没说呢，就被刘裕先下手赐死。刘裕的动作极为迅速，他亲自率军从建康出发，逆流而上，讨伐刘毅。
参军王镇恶提出自领一百艘快船为先锋。刘裕采纳了他的建议，在大军到达姑孰后，以王镇恶为振武将军，与龙骧将军蒯恩指挥一百艘快船先行。
临行前，刘裕对王镇恶面授机宜：“如若敌人知道我要来，不妨等大军到，也不过数日而已。若要对战，应该下船上岸。你到了那边，必须仔细考察形势，如果打得过，就进攻，不然的话，就把船舰烧了，在水边留些快艇，等我大军开到。还有，一定要多方慰劳百姓，宣传诏书的旨意：罪责只是针对刘毅一人的，其余人等一概赦免不问罪。假若敌人不知道我方进军的消息，不作防备，也可以考虑突袭。一路上行军，就说是兖州刺史刘藩的船只。”先锋船队以刘藩的名义昼夜兼程，西上荆州。
刘毅及其部下都信以为真，没有作任何抵抗。不到一个月，王镇恶等人就抵达了豫章口（今湖北江陵东南），距离江陵城仅二十里。
王镇恶见刘毅毫无防备，便弃船步行进军，蒯恩的军队在前，王镇恶的军队紧随其后。
每条快船都留一两个人，并在船上俺边竖旗安鼓，吩咐驻留的人等到先锋军队快要到江陵城时，便击鼓呐喊，显出后有大军的模样；又派一支小分队，暗中烧毁刘毅停在江津（今湖北沙市东南）的船舰，断其退路。
仍然没有路人对这支先锋部队有所怀疑，都以为是刘藩来赴任呢。离城不到五六里了，迎面来了十来个骑兵，数十个步兵，为首之人是刘毅的大将朱显之。
朱显之是奉刘毅的命令，要去江津执行任务，他见蒯恩、王镇恶的装束颇为奇怪，便问道：“来者何人？”王镇恶照例答道：“刘兖州来了！”朱显之又问：“那刘兖州本人在哪里呢？”答道：“在后面还没上来。”朱显之心中生疑，放眼远眺，忽见江津方向火光冲天，鼓声大作，这才明白来的不是刘藩，赶忙转回城去，向刘毅报告，刘毅闻讯大惊，紧急下令关闭各城门，可惜晚了一步，蒯恩、王镇恶率领部下从外城东门突入，立即分兵攻打内城的东门和西门，王镇恶又分出兵力攻打南门，两军混战，从早上打到下午，城里的几千守兵基本上走的走，降的降。
王镇恶杀入内城，因风放火，烧了外城的东、南二门。王镇恶派人把诏书和赦文送给刘毅，刘毅看也没看，给烧了，继续与司马毛修之指挥士兵全力一战。
双方在内城中展开肉搏战，这些士兵中有不少都是当初北府旧将，相互间熟悉得很，王镇恶让部下一边打一边做宣传，告诉刘毅的士兵，刘裕本人就在后头。
这一着果然奏效，王镇恶的军队很快占了上风。此时已近半夜，王镇恶担心深夜里士兵自相残杀，便率军包围内城，而打开南门，引诱刘毅出逃。
刘毅害怕南门有埋伏，带了剩下三百多个人向北杀出一条血路，最后从外城的东门逃了出来。
他逃到离城二十里的地方，自缢而死，就这样，刘毅结束了自己的一生。
再来介绍下王镇恶，他是前秦名相王猛之孙，前秦败亡后，他便流落民间，后来跟着叔叔归东晋，客居在荆州，他喜欢读兵书，虽然没有什么武艺，但是刚毅果断，很有军事才能，刘裕攻广固时，他正在湖南临澧lǐ县当县令，有人向刘裕推荐了他，于是刘裕派人把他招来，一谈，刘裕对他的才能很惊讶，于是留他同宿，第二天对人说：“镇恶，王猛之孙，所谓将门有将也！”王猛当年既是名相，也是名将，所以刘裕说是将门有将，于是刘裕就把他留在了身边做自己的参谋，在卢循之乱时，王镇恶在查浦抵御卢循，屡有战功，此次平定刘毅，更是奠定了他刘裕手下第一大将的地位。
刘毅死后，刘裕的主要对手就只有诸葛长民了，征讨刘毅时，为了安抚诸葛长民，就让他监管太尉府，刘裕走后，诸葛长民开始放肆起来，做了许多不法之事，等到刘毅被消灭，他开始有了兔死狐悲之感，怕刘裕对付自己，于是有了反刘裕之心，他对人说：“‘昔年醢hǎi（酷刑，把人剁为肉酱，西汉开国功臣彭越就死于此刑，这里是以彭越比喻刘毅，以韩信比喻自己）前年杀韩信’祸其至矣！”（已经杀了刘毅，现在恐怕就要杀我了，大祸就要来了！）他暗中对刘裕的副手刘穆之试探道：“民间很多人都说太尉（刘裕）与我不和，是何原因呢？”刘穆之应道：“太尉西征，把家属都托付给了足下，岂能说与你不和？”于是他才稍微安心，诸葛长民又给刘敬宣写信，拉拢他一起反对刘裕，刘敬宣那是刘裕铁丝，岂能答应，马上回信拒绝，并把诸葛长民的信送给刘裕，刘裕见信后说：“阿寿（刘敬宣字万寿，这里是呢称）故为不负我也！”（刘敬宣这样做，是表示不负于我啊！）此时，刘裕已经动了杀机，准备除掉诸葛长民了。他率领人马从江陵东归，一开始和大部队一起走，诸葛长民得到消息和大臣们等了好几天，就是不见刘裕回来，等离建康不远了，刘裕突然甩开大部队，乘轻舟悄悄回到了太尉府。
第二天早上，诸葛长民才听说刘裕已经回来了，他心里就是一惊：怎么不声不响突然就回来了呢？该不会是想对付自己吧？于是他赶紧到了太尉府，刘裕早已暗中布置好了一切，一看诸葛长民来了，上前拉着他坐下就开始聊天，诸葛长民也没反应过来，还乐呵呵跟刘裕聊，正聊得开心呢，刘裕埋伏的一个叫丁旿ǔ的勇士已经从背后用绳子勒住了他的脖子，诸葛长民一挣扎，从胡床（一种可折迭的坐具，类似今天的马札儿，因为是胡人最早使用的，所以谓之胡床）上摔到地下，丁旿又在地下把他打死，诸葛长民的弟弟诸葛黎民很勇武，力战而死，小弟弟诸葛幼民逃到山里，最终也被杀掉了。
收拾完这俩政敌，刘裕开始准备消灭割据四川的谯纵了，早在诸葛长民倒台的前夕，刘裕已经开始准备了，义熙元年、义熙三年那两次次攻蜀不顺，这些年也一直没空儿来灭了他，现在终于有空儿了，义熙九年，413年二月，刘裕派当时名望地位都不高的朱龄石为帅，统兵两万伐蜀，以臧熹、蒯恩、刘钟三人为副将。
临行前，刘裕与朱龄石讨论作战计划，刘裕说：“刘敬宣往年出黄虎，无功而退。贼谓我今应从外水往，而料我当出其不意，犹从内水来也。如此，必以重兵守涪城，今四川绵阳，以备内道。若向黄虎，正陊（duò，落入、陷进）其计。今以大众自外水取成都，疑兵出内水，此制敌之奇也。”（刘敬宣上回从黄虎取道内水（指今天的涪fú江及其下游嘉陵江）进攻，没能成功。按正理我们应取道外水（指今天的成都市府河及其下游岷mín江）敌人也许认为我们会出其不意仍然从内水进攻。这样一来，他们肯定会用重兵守卫涪城（今四川绵阳东）以防内水。所以我们如果再从黄虎走，一定正中其计。我想不妨布置少量疑兵取道内水，而以大军从外水直取成都，必能出奇制胜。”为了怕泄密被敌人知道，刘裕特地写了封信，封好后交给了朱龄石，上面写着：至白帝乃开（这可以算是刘裕版的“锦囊妙计”诸葛亮的锦囊妙计是虚构，他这可是史实，不过这个妙计执行的将领已经提前知道了，好像缺了那么点儿“料事如神”的感觉）
朱龄石逆流而上，抵达白帝后打开了信，上面写着：“众军悉从外水取成都，臧熹、朱林于中水取广汉，使羸弱乘高舰十余，由内水向黄虎。”（全军主力都从外水攻打成都；臧熹、朱林从中水（今四川彭山方山下入江的绵水口）攻打广汉（今四川射洪南），并派老弱士兵乘十几艘高大舰船，从内水佯攻黄虎。”）
朱龄石得了锦囊，便布置下去，诸军倍道兼行。成都王谯纵果然被刘裕算中，他在得到情报后，认定内水的疑兵就是晋军主力，命令谯道福以重兵镇守涪城，以防晋军从内水攻来。这样一来，朱龄石主力走的进军路线就几乎成了蜀兵不设防的地段，大军很快抵达彭模（今四川彭山东南岷江东岸），离成都只有二百里。谯纵才命侯晖、谯诜shēn率万余兵马驻扎在彭模，隔着外水筑起工事拒守。
朱龄石率领蒯恩、刘钟强攻彭模，力克险峻难攻的彭模北城，斩杀了侯晖、谯诜，转攻南城，一并拿下，斩大将十五人，敌人的防线崩溃，大军于是舍船步进。
臧熹进军至广汉（四川广汉市）时，病死，朱林抵达广汉后又大破谯道福、斩杀谯抚，谯纵闻讯后逃到涪城，被一个叫王志的人斩杀，谯道福还想收众兵一战，士兵们却不愿再听从他的指挥，分了财物各自散去，谯道福投往广汉的僚人部落，也被当地人捉住送给晋军斩首，至此，四川平定，这时，刘裕的敌手只剩下在刘毅之后继任荆州刺史的司马休之了，他在荆州颇得人心，这引起了刘裕的疑忌，但刘裕一时间还没有抓到他的把柄，只能暂时忍耐。
除了消灭异己外，刘裕还在义熙九年实行了土断，所谓的土断，还要从北方的大族侨迁到南方说起，自晋怀帝永嘉年间（307——313年）开始，北方的汉族民众因为战乱之故，在士族豪门的带领下纷纷南渡，去投奔琅琊王司马睿，也就是后来的晋明帝，因为这些人大多是有势力的大族，东晋朝廷为了安置他们，出台了一项政策，叫“侨置郡县”什么意思呢？就是你原来在北方是哪个郡县的，那么到了南方以后，就在你的现居住地划出一部分土地设立一个郡或县，还叫原来的名字，比方说，如果是从北方的上党郡侨迁到南方的会稽郡，那么就在会稽郡的辖境内，划出一部分土地，设立一个上党郡，因为是安置侨迁大族的郡县，所以这种郡县就叫做侨郡、侨县，而这部分南渡的人就被叫做侨人，侨人的户籍叫“白籍”不编入正式的户籍，不负担国家的赋税，这样就带来很大的麻烦，因为北方不断有人侨迁来到南方，这样就需要不断的设置侨郡、侨县，这就造成了郡县越来越多，而地盘儿越来越小，国家的赋税收入越来越少的怪现象，另外郡越来越多，也造成数个郡的政（百度滚）府同驻一县的情况，这样治理起来就非常麻烦，政出多门，很多事情都不知该归哪个郡府管，这就需要进行土断，土断就是撤销侨郡、县，把侨人编入“黄籍”也就是国家正式户籍中，以便于管理，增加财政收入，但是，因为不断有人南渡，需要不断设立侨郡、县，也就需要每隔数十年进行一次土断，土断政策贯穿整个东晋、南朝。
义熙十年，414年，收拾司马休之的借口终于被刘裕找到了，司马休之有个儿子叫司马文思，他继承了伯父谯王的爵位，住在京城，这个小子公子哥儿脾气，行为轻浮放纵，经常触犯刘裕颁布的法令，于是也就时不时被衙门传讯到堂吃官司，司马文思非常不爽，加上他对刘裕大权独揽也有意见，招集了一批人打算反抗刘裕，而刘裕也想收拾他，三月，有人参奏司马文思擅自打死国家官员，刘裕诛杀了他的党羽而宽恕了司马文思，把他送到了江陵，让司马休之看着办，司马休之知道刘裕是冲着他来的，但他装糊涂，只是上表要求引咎辞职，革除儿子的爵位，刘裕一见大怒，决定对他动真格儿的，在第二年的正月，把他的次子司马文宝、侄子司马文祖抓到大牢里赐死，亲率大军西征，自己兼任了荆州刺史。
刘裕出征后，刘敬宣的参军司马道赐和他的同僚闾道秀、小将王猛子等就想举兵响应司马休之，恰好此时，刘敬宣召闾道秀议事，让左右从人都退下去，王猛子一见有机可乘，就尾随刘敬宣入密室，用他的佩刀杀了他，刘敬宣亡年四十四岁，刘裕知道后大哭不止，非常悲痛，更加痛恨司马休之了。
刘裕听说司马休之的参军韩延之是个人才，有心招降，便给他写了一封密信劝降，结果韩严词拒绝了刘裕，他听说刘裕的父亲刘翘字显宗，就把自己的字改做显宗，以表示对刘裕的蔑视。
三月，刘裕率军抵达江陵，与司马休之联合的雍州刺史鲁宗之派他的儿子鲁轨袭杀了江夏太守刘虔之，刘裕于是又派自己的女婿徐逵之，让他率领参军蒯恩、王允之、沈渊子为前锋，从江夏口（即长江与夏水的汇合处，今湖北监利西）出兵进攻鲁轨，两军在破冢（今湖北江陵东南一带）交战，徐逵之等人战败身亡，只有蒯恩的军队勉强守住。
刘裕的大军抵达了马头（今湖北公安西北），就得到了连败两阵、女婿战死的消息，他勃然大怒，立即指挥诸军渡江，直扑西岸的江陵。这一带的江岸都是数丈高的悬崖峭壁，鲁轨与司马文思领兵四万把守，在悬崖上排下阵势，刘裕的军队根本无法上岸。刘裕披挂整齐，准备亲自登岸，众将苦谏不听，主簿谢晦（这个谢晦是那个中领军谢混的侄子，最初是孟昶的参军，孟昶死后，刘裕问刘穆之：“孟昶的属下里，谁堪入我府中呢？刘穆之举荐了谢晦，刘裕就让谢晦担任了他的参军，一次刘裕讯问案件，这天早上主管刑事案件的参军病了，就让谢晦代替他当班，谢晦在上班的车中匆匆看了一遍案卷，在刘裕问他时居然一点儿也没有出错，刘裕很欣赏他的才能，当即就让他主管刑事案件，义熙土断时，他分管扬州和豫州的土断，以公平着称，而且他长得还非常帅，文才非常出众对刘裕忠心耿耿，因此刘裕非常喜欢他，这次征司马休之，就让他随军担任主簿，就是秘书长）上前一把抱住刘裕，刘裕也急眼了，怒道：“我斩卿！”谢晦说：“天下可无晦，不可无公，晦死何有！”（天下可以没有我谢晦，不可以没有公，我死了又有什么关系呢？！）刘裕这才稍息怒火，他命令建武将军胡藩登岸，胡藩用刀尖在峭壁上刺出一个个小的凹槽，正好可以容下脚指，由此一步步往上攀爬（可见胡藩是攀岩运动的早期开拓者）。随后的部众越来越多，跟着他奋勇上岸，与司马文思等人的军队展开肉搏战。
荆州的军队没见过如此勇猛的架势，很快被击退。刘裕乘胜猛攻，司马休之的军队溃败，江陵被攻克。
司马休之、鲁宗之北逃，并派人向后秦和北魏求救，鲁轨则据守石城（今湖北钟祥），以期作最后一搏，却被刘裕部下赵伦之、沈林子击败。
司马休之、鲁宗之两对父子，以及那位誓死反刘的韩延之等一干人只好投奔后秦，宗室司马休之再度被迫离开了故国。
刘裕取得了权力斗争的最后胜利，他被加封太傅、扬州牧，享受
“剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名”（剑履上殿，带剑穿鞋上殿，按当时一般规定，上朝时不得带武器，也不能穿鞋，因为当时还没有椅子，都是席地而坐，入室内就要脱鞋。
入朝不趋，趋是快步走，表示对君主的尊敬，不趋就是不用快步走。赞拜不名，臣子见皇帝，要有专门的礼官报出他的姓名，赞拜不名就是在见皇帝时礼官不报他的姓名）最高待遇。
义熙十二年，416年正月，他又被加封平北将军、兖州刺史，并增加都督南秦州，总共都督的州数达到了二十二个，三月又被封为封为中外大都督，至此，刘裕已是名义上的
“一人之下”，实际上的
“万人之上”，可以为所欲为了，恰好此时后秦君主姚兴去世，他的儿子姚泓善良懦弱，没有什么能力，后秦政局不稳，刘裕一见有机可乘，于是准备第二次北伐。
义熙十二年八月，刘裕开始北伐，他的作战计划是从秦、晋边境的兖州、徐州、荆州等处多点进攻，由东、南两个方向对后秦形成半圆形的合围架势，一举拿下关东地区，继而齐攻潼关。
晋军共分为五路，由步军、水军两部分组成：第一路为步军前锋，由龙骧将军王镇恶与冠军将军檀道济率领，自淮水、淝水开往许昌、洛阳方向；第二路由新野太守朱超石、宁朔将军胡藩率领，自襄阳进攻阳城（今河南登封东南），策应前锋主力；第三路由振武将军沈田子、建威将军傅弘之率领，自襄阳进攻武关（今陕西商县西南）；第四路为水军，由建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领，出石门（今河南荥阳西北），自汴水入黄河，直逼洛阳；第五路也是水军，是由北兖州刺史王仲德统领的前锋诸军，开通巨野泽（今山东巨野北）入黄河。
五路大军并进，气势如虹。后秦的统治中心在关中，关东地区是姚兴当年乘着东晋内乱夺来的，不过十几年的时间，兵力相对薄弱。
王镇恶与檀道济的这一路进入后秦国境内，所向披靡，连战连捷。秦军毫无抵抗的决心，将领王苟生以漆丘（今河南商丘东北）降王镇恶，徐州刺史姚掌以项城降檀道济。
其余要塞守兵，大多望风而降，只有新蔡太守董遵死守，也被檀道济轻松拿下，董遵被虏杀。
檀道济继续进兵，攻克许昌，擒获后秦颍川太守姚垣及大将杨业。
沈林子一路也顺利地攻克仓垣（今河南开封西北），后秦的兖州刺史韦华只得投降，同时王仲德也率军西上，逼近了北魏的滑台（今河南滑县东），北魏兖州刺史尉迟建率军弃城逃走，王仲德兵不血刃拿下滑台。
在此前一年，姚兴把自己的女儿嫁给了北魏明元帝拓跋嗣为皇后，因此拓跋嗣对晋军攻后秦非常愤怒，立即派 叔孙建、公孙表引军渡河，斩杀尉建，兵临城下，向王仲德喊话，质问他为何入侵魏国。
王仲德明白此时不能得罪北魏，于是让自己的司马竺和之登城答话，表示晋军攻打后秦只是为了清扫晋室皇陵，无意和北魏为敌，自己只是占据此城休整而已，刘裕也亲自写信道歉，此时的北魏也是刚刚平息上党的叛乱，一时间还不想和晋军冲突，再说王镇恶、檀道济这路人马，两人都是名将，一路连战连胜，很快逼近了洛阳，洛阳的守将是姚洸guāng，他不听部下赵玄的劝告，没有固守金墉城（这个在讲杨皇后时讲过）而是分兵把守各个要害，结果被晋军各个击破，最后只得投降。
正当外敌入侵时，后秦宗室并州牧姚懿yì又起兵作乱，意欲废姚泓自立，姚泓的精兵强将，不得机会对付晋人和夏人，白白消耗在平定内讧的战争中。可怜的姚泓，居然在正殿朝见百官的时候，忍不住心中的苦痛，和大臣们一起放声痛哭。
王镇恶为了安抚人心，把所有俘虏全部遣散，这一行为在当时来说是相当难得的，攻破了洛阳，刘裕春风得意，于是派左长史王弘回建康索要九锡，东晋朝廷自然是答应了，而且还划出十郡为宋国，封刘裕为宋公，刘裕姿态很高，辞而不受，遣散他只是想试探一下朝廷的反应，其意不在九锡，那只是个形式而已，刘穆之此时才发现自己的主公原来是想篡位自立，而自己却为他效力多年，一时又气又愧，不几时居然一病不起。。。。（刘穆之比较类似曹操手下的谋臣荀彧yù，同样才能很强，政治立场上呢，说得好听是忠于前朝，说得难听是十分迂腐。在乱世之中，这样的人恐怕是活得最郁闷最痛苦的）
再说后秦方面，这时姚泓真急眼了，急忙派人向北魏求救，明元帝拓跋嗣召集群臣商议，大家都说：“潼关是天险，刘裕以水军攻取是很难的，如果他登岸北侵就容易了，刘裕声言是伐秦，但其志难测，而且后秦和北魏是姻亲，不能不去救援，应该发兵阻断黄河上流，阻止他西进”只有博士祭酒（一种学官，始于东汉，职责是教授儒家经典）崔浩说：“刘裕图谋后秦已经很久了，现在姚兴已死，姚泓懦弱，国内也不太平，刘裕趁此危急时伐秦，是志在必取了，如果阻断上流，那么刘裕大怒之下，肯定会上岸北侵我国，那就成了咱们代秦受害了，现在柔然族还在进攻边境，粮食又歉收，如果再和刘裕为敌，则北方的柔然族就会深入边境，救援北方则南面的州郡又会有危险，这并非是良计，不如借给他道，然后在东面屯兵阻他的退路，如果刘裕能攻下后秦，肯定会感激咱们借道给他，如果攻不下呢，咱们也不失救秦之名。”拓跋嗣想来想去，觉得不妥，还是派了十万步骑兵驻守黄河北岸，静观其变。
刘裕对驻守在北岸的魏军很恼火，魏军采取“敌进我退，敌退我攻”的策略，一遇有被风吹到北岸的晋军船只，魏军马上攻击，等到刘裕追来，魏军又马上退走，搞得刘裕很郁闷，于是决定给魏军一点颜色看看，他派那个丁旿带上七百个士兵，一百辆兵车，冲上北岸。在离岸一百来步的地方，用兵车摆了一个叫做“却月”（就是新月形的阵）的半圆形阵势，两头靠着河，每辆车上坐七个士兵，然后在阵中竖起一根白羽毛。魏军搞不懂这阵势，也不敢乱动。忽然，却月阵中的白羽毛举起，刘裕的将军朱超石便率领两千个士兵带着一百张大弩，冲到阵中，每车增加了二十人，每车站列二十甲士，左右前后列大盾掩护这时魏军有三万多人，全是骑兵，感觉有把握对付晋军，于是开始攻击，此时刘裕命令准备好一千多把长槊，每把槊断开成三四尺，装在弩上，用铁锤敲击发射，大弩的力道非常强劲，这一截断矛射出，就能洞穿三四个魏军，魏军从没见过这样的阵法和武器，一时间被打得狼狈不堪，纷纷溃散，晋军乘胜追击，斩杀数千魏军！拓跋嗣得报，才后悔不听崔浩的劝告，但是他对刘裕能否克秦仍然有疑虑，于是问崔浩，崔浩说：“昔日姚兴好虚名而不务实，姚泓又懦弱多病，兄弟相争，刘裕乘其危难而伐，兵精将勇，肯定他必定能攻克”拓跋嗣又问：“刘裕何如慕容垂？”崔浩说：“裕胜”拓跋嗣又说：“试言其状”崔浩说：“慕容垂承父祖世君之资，生便尊贵，同类归之，如飞蛾赴火，少加倚仗，便足立功，刘裕奋起寒微，不阶尺土，讨灭桓玄，兴复晋室，北擒慕容超，南摧卢循，所向无前！非其才之过人，安能如是乎？”（拓跋嗣问崔浩：“刘裕比慕容垂怎样？”崔浩说：“刘裕胜过慕容垂”拓跋嗣问：“那你说说原因吧”崔浩说“慕容垂承受父祖世代为君主的资本，生来就尊贵，他的同族多归附于他，就像是飞蛾扑火那样，只要少加倚仗就足以建立功业，而刘裕出身贫寒，家世低微，连一尺土地的资本也没有，却能够讨灭桓玄，兴复了东晋皇室，北方擒慕容超，南方摧破卢循，所向无前！如果不是他的才能过人，怎么能够这样呢？”于是拓跋嗣不再阻拦刘裕。
王镇恶、檀道济、沈林子等人，乘此机会，王镇恶进军潼关，檀道济、沈林子则从陕城（河南三门峡市西）北渡黄河，进攻蒲阪bǎn（今山西省运城市永济县虞乡）一时无法攻克，于是沈林子劝檀道济与王镇恶合兵攻潼关，三员大将会师，潼关很快被攻下，守将姚绍战败退守 三员大将再度会师，晋军顿时奋勇无敌，很快就夺取潼关，后秦守将姚绍战败退驻定城（今陕西潼关西），依险拒守。姚绍出兵断晋军粮道，封锁水路，都被沈林子挫败。姚绍守了一个月，又派长史姚洽、宁朔将军安鸾等人率兵两千在九原（今山西新绛北）一带设立河防，以期再次通过绝断晋军粮援的方式迫其退军。沈林子出兵在半道拦击，将秦军兵将攻杀殆尽。可怜的姚绍，听说姚洽兵败身死，又气又愧，吐血而死。东平公姚瓒zàn代行兵权，引兵攻袭仇敌沈林子，又被击败。
随后，刘裕抵达陕城，沈田子、傅弘之等人进驻青泥（今陕西蓝田）姚泓打算亲征，又怕沈田子抄他后路，就打算先干掉沈田子的人马，再兵出潼关与晋军决战，沈田子的人马才一千来人，本来是作为疑兵用的，傅弘之稳重，听说姚泓亲率数万大军前来，就打算退兵，但沈田子说：“用兵贵在用奇谋，不在于人马众多，等他们列好阵型，咱们想逃也不可能了，现在敌军刚到，他们的阵型还没有列好，咱们先发制人，肯定可以立功！”于是他对士兵们说：“诸君冒险远来，正求今日之战，死生一决，封侯的功业就在于此战了！”士兵们一听，顿时来了精神，无不以一当十，奋击后秦军，后秦军大败，姚泓狼狈奔逃回灞bà上（陕西省西安市东南，蓝田西）刘裕大军到达潼关，王镇恶请求率领水军自黄河进入渭水，直取长安，刘裕同意。后秦恢武将军姚难自香城（今陕西朝邑东）回救长安，王镇恶率兵沿渭水追击。姚泓见状，从灞上引兵回屯石桥（今长安城洛门东北），救援姚难。王镇恶派部将毛德祖进击姚难，取得大胜，阵斩镇北将军姚强，姚难逃往长安。姚泓慌忙调姚丕守渭桥，以阻止王镇恶上岸，这哪里还能挡得住气吞万里如虎的晋军？王镇恶率大军在渭桥边弃舟上岸，背水一战，大败姚丕。姚泓等人前来救助，一头撞上溃败的姚丕败兵，秦军士卒自相践踏，一败涂地，姚泓本人单骑还宫。
王镇恶从平朔门攻入长安。第二天，无路可走的姚泓率领自己的后妃、皇子以及文武百官齐刷刷地跪倒在门前，向趾高气昂的王镇恶请降，曾一度称霸关中的后秦国灭亡。
刘裕对待敌人依旧毫不手软，把姚泓送到建康斩首，剩下的宗室除了姚兴一个侄女因为漂亮被刘裕纳为妾室外，其他人一律被杀，姚泓的小儿子姚佛念在姚泓出降之前自己从宫墙上跳下而死。
刘裕来到灞上，对前来迎接他的王镇恶说：“成吾霸业者，卿也！”王镇恶说：“这都是明公之威，诸将之力，我王镇恶又有什么功劳呢？”刘裕笑着说：“卿欲学冯异么？”（冯异是汉光武帝刘秀的大将，为人非常谦逊，诸将都谈论自己的功劳时，他总是沉默寡言，所以得了个“大树将军”的外号）这王镇恶虽是一代名将，却有个很大的毛病：贪婪，后秦府库充盈，王镇恶派手下军士盗取私拿，不计其数。刘裕对此一清二楚，“以其功大，不问”。当有人告称王镇恶私藏姚泓的御辇niǎn（君主乘坐的车）时，刘裕派人暗中观察，派出之人回报，王镇恶只是贪图御辇上的珍宝装饰，悉数剔取后，御辇架子被扔弃在墙角，刘裕这才放心。
刘裕原先意向，是欲留在长安，准备经营西北，一统北方，“而诸将佐久役思归，多不欲留”留至年底，刘裕又得知留守在建康的心腹刘穆之病死的消息，这刘穆之一死，刘裕就失去了大总管，后方最得力的助手没有了，勉强提拔了刘穆之的副手徐羡之，代任其职。就“留守京师”这一职责，徐羡之很不够格，原先刘穆之一个人就可以搞定的事宜，都得送到关中请示刘裕了，在这种情况下，刘裕开始准备回南方了，其实，刘裕回南的主要原因一是因为刘穆之去世，后方没了得力助手，二也是因为他自己对帝位的渴望与野心，此时诸将出征才一年的时间，谈不上“久役”而且关中地区非常富饶，打下后秦又得了许多战利品，从大将到士兵都已发足了财，说思归怕是不那么靠谱儿的，最根本的原因，还是因为刘裕对帝位野心已经超越了建功立业的宏图大志了。
决定了南归，刘裕就开始安排留守长安的人事部署，他让随军的次子刘义真留下，担任都督雍梁秦三州诸军事、兼雍、秦二州刺史、安西将军，封王镇恶为安西司马、冯翊yì太守（行政区名，始于汉代，辖数郡，属于中央直辖行政区）与刘裕的参军王修共同在长安辅佐刘义真。另外刘裕还留下了沈田子、毛德祖、傅弘之等人，处理军务要事。
这些人，能力都不错，但有个问题，没有团队精神，谁都不服谁，这次北伐王镇恶功劳最大，再加上他的祖父王猛在北方也很有影响力，所以沈田子等人就很妒忌他，屡次对刘裕说王镇恶不可信任，刘裕这时却犯了糊涂，他对沈田子说：“当年三国时的钟会在四川叛乱不成，是因为有卫瓘guàn在，俗话说‘猛兽不如群狐’，你们十几个人，还怕对付不了一个王镇恶么？”
所谓“疑人不用，用人不疑”刘裕既然对王镇恶不放心，就应该带他一起南归，如果信任他，就应该严厉斥责沈田子，或者带沈田子南归，既把镇守关中的大任交给王镇恶，私下却又对沈田子这样说，这等于是支持内讧。。。唉！从这一点来看，刘裕识人、用人的能力比曹公差得多了。
沈田子素来就与王镇恶不睦，这下得了刘裕的暗示，就开始暗中准备对付王镇恶了，义熙十三年底，刘裕离开长安率军南归，夏王赫连勃勃一直想占领关中，听说刘裕走了，马上和大臣王买德商量如何攻占关中，王买德说：“关中形胜之地，而裕以幼子守之，狼狈而归，正欲急成篡事耳，不暇复以中原为意，此天以关中赐我，不可失也，青泥、上洛（今陕西商县）南北之险要，宜先遣游军断之，东塞潼关，绝其水陆之路，然后传檄三辅（汉代的行政区划，这里指关中）施以威德。则义真在网罟gǔ（渔网）之中，不足取也！”
（关中是地理位置优越的险要之地，而刘裕却让自己的幼子镇守，狼狈而归，是因为他急于回去篡位，无暇顾及中原了，这是天赐关中给我们，不可失去， 我们应该出兵截断青泥、上洛这两处南北的险要，再在东面堵住潼关，阻拦水陆两路，然后传檄关中，对老百姓威德并施，那刘义真就好像在渔网之中，要擒住他毫不费力！）
赫连勃勃依其计，派世子抚军大将军赫连璝guī率骑兵两万为前锋，杀向长安，前将军赫连昌进攻潼关，切断晋军通道，王买德进驻青泥，赫连勃勃亲率大军为后继。
东晋义熙十四年，418年正月，赫连璝的骑兵到达渭水以北，逼近长安北门，一路上的关中降民不计其数。东晋的长安守军并无战心，沈田子前往抵抗，却怯敌不进，退守在长安城外的刘回堡，派人还报王镇恶。
王镇恶得报后，对王修说：“刘公把十岁的儿子托付给我们，应该共同想着竭力报效，现在拥兵不前，怎么能破敌呢？”不久，王镇恶与沈田子一同出城抵抗赫连。沈田子让人在军中散布谣言：“王镇恶要尽杀南方人，据关中造反啦！”接着，他便借故将王镇恶召集到傅弘之帐中议事，乘机将其杀死。
傅弘之得到消息，回报刘义真与王修。王修登长安北城张望，见沈田子带着十来个人回城，当即命手下人按住沈田子，历数他擅杀大将之罪，然后斩首。一场内讧使东晋平白损失两员强将，幸亏傅弘之率部大败赫连璝，一直追到寡妇渡（今甘肃庆阳北），暂时打退了夏军，才稳定住了局势。
刘义真是个小孩子，对左右亲信赏赐无度，王修为人正直，经常规劝他，抑制他的赏赐，刘义真的亲信们非常怨恨王修，于是对刘义真说：“王镇恶想造反，所以沈田子杀了他，而王修又杀了沈田子，他也是想造反的！”于是刘义真又把王修杀了，这下子搞得长安人心惶惶，局势开始不稳，刘义真发现不妙，就把许多在外地镇守的军队调入长安，如此一看，关中的守备力量被大大削弱，于是关中的大部分郡县都投降了赫连勃勃的夏国，赫连勃勃又攻克了咸阳，长安连打柴的路都被阻断了。
刘裕闻讯，派派蒯恩去长安召回刘义真，之后又派朱龄石代刘义真镇守长安，派朱超石去河东等地劳军，朱龄石的部队刚到长安，刘义真知道马上就要回江南了，于是开始大肆掳掠财物，车辆列为方阵徐徐而行，赫连勃勃派赫连璝率三万人追击，傅弘之劝刘义真轻装疾行，无奈刘义真不听，退到青泥，撞上了早在这里等候多时的王买德，回头一看，赫连璝也已经到了，晋军哪里是对手，顷刻崩溃。傅弘之、蒯恩断后，掩护刘义真先走，两人都被王买德所擒。刘义真马快，走在前面，后来又躲进草丛里，被中兵参军段宏保护着才逃出了夏兵的追击范围。晋军全军覆没，当初那迷恋财物美女的兵将，终于遭受了贪婪的报应。
报应还不算完，朱龄石也跟着一起受罪，刘义真走后，长安百姓对晋人彻底失去了好感，他们驱逐朱龄石，朱龄石被迫逃往潼关，路上与弟弟朱超石会合，这一趟却又早被王买德算着，赫连昌就驻扎在潼关，他截断晋军水道，将朱氏兄弟生擒，赫连勃勃进驻长安，杀掉了傅弘之、朱龄石等几乎所有的刘裕爱将，只有毛修之投降，保全了性命，至此，北伐的成果几乎全部丧失，刘裕得知此讯后大怒，打算再次北伐，一位名叫郑鲜之的官员上表苦劝，刘裕仔细想想，也觉得现在北伐不合适，于是作罢，不久段宏来信，刘裕知道儿子无恙，也就没了北伐的念头，只是流着眼泪登城北望。
回过头来再说刘裕，他回南后，开始加紧夺权的步伐，418年12月，晋安帝司马德宗患病，刘裕趁此机会，命中书侍郎王韶之勒死了晋安帝，立他的弟弟司马德文为帝（刘裕立他的原因，是因为民间有谶chèn（预言）语流传说“昌明之后有两帝”昌明是晋孝武帝司马曜yào的字，古人对这些迷信的东西比较相信）改元为元熙，元熙元年，419年8月，刘裕晋封为宋王，次年正月，刘裕想接受禅位却不好意思直接说，于是召集群臣宴饮，在宴席中刘裕说：“桓玄篡位，鼎命已移，我首唱大义，兴复帝室，南征北伐，平定四海，功成业着，遂荷九锡。今年将衰暮，崇极如此，物忌盛，非可久安，今欲奉还爵位，归老京师”
（桓玄篡位时，晋朝的命数已经转移了，鼎命，鼎代表最高权力，我首倡大义，起兵兴复了晋朝皇室的江山，南征北伐，平定四海，已经成就了功业，遂受了九锡。现在我年纪大了，地位如此崇高，已经达到了极限，事物都忌讳太盛，这样不是可以久安的，现在我想奉还爵位，在京师养老）群臣不知他什么意思，只有纷纷称赞他的功德，晚间宴会结束时，中书令傅亮离开王府后，醒过神来，马上又返回王府面见刘裕，只说了一句：“臣暂宜还者”（臣应该马上返回都城）刘裕也只说了一句：“需几人自送？”（需要几个人跟随）傅亮说：“数十人可也！”于是傅亮立即返回建康操办，6月，刘裕奉诏抵达建康，傅亮入宫，让晋恭帝把事先准备好的禅位诏书抄一遍，晋恭帝欣然拿笔写好了诏书，对左右说：“桓玄之时，晋室已无天下，今日推国与宋王，本所甘心！”
（桓玄篡位时，晋朝就已经失了天下，现在把国家让给宋王，本来就是甘心情愿的！不过，刘裕并没有因此放过他，刘裕即位后，封他为零陵王，过了一年多就派人把他杀了）随后，刘裕就在建康即皇帝位，改元为永初，刘裕当了两年的皇帝，在这年的时间里，他下了不少有利百姓的政令，比如下令减免赋税，裁减各地冗余的地方官员，改革苛刻的刑法，恢复学校与考试制度，一系列措施对于整个社会的安定都起到了积极的作用。东晋末年南方内乱不断，人民流离失所，百姓急需一个宽松的环境休养生息，南方在后来的三十年间形成“元嘉之治”，刘裕开的好头功不可没。
422年6月26，刘裕在皇宫西殿驾崩，时年59岁，庙号为高祖，谥号为武皇帝，所以一般称他为宋武帝，刘裕临终前，指定徐羡之、傅亮、谢晦和檀道济四位为顾命大臣，托以朝廷大事。吩咐完毕，刘裕还不放心，又屏退众大臣，叮嘱刘义符说：“檀道济这个人有些才干谋略，但终究一介武夫，没有大的志向。徐羡之、傅亮两个都是理政的人，应该不会有别的想法。唯独谢晦，几次跟着我征伐，颇懂机谋，若说有异心的，那就是此人，你需要多多防备。”
这番话，就像当初对沈田子说的那番话一样，不但多余，而且贻害无穷。既然害怕谢晦造反，最好的方式就是限制他的权力，至少不能委以大任。一面要让他做顾命大臣，一面又要让太子防着他，而这个太子，又偏巧不用心且没能力，怎么可能做到两全其美？刘裕这些错误的安排为日后的宫廷政变埋下了祸根，当然，这是后话了。
好了，至此，一代传奇英雄刘裕的故事就全部讲完了，最后，让偶们用辛弃疾的那首《永遇乐·京口北固亭怀古》来做结束语吧！
“千古江山，英雄无觅，孙仲谋处。舞榭歌台，风流总被，雨打风吹去。斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住。想当年，金戈铁马，气吞万里如虎。
元嘉草草，封狼居胥，赢得仓皇北顾。四十三年，望中犹记，烽火扬州路。可堪回首，佛狸祠下，一片神鸦社鼓。凭谁问：廉颇老矣，尚能饭否？ ”
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“空城计”他便在一天夜里命城中的军队放下旗帜，隐藏起来，做出已经撤退的姿态。
第二天早上打开城门，让几个没有战斗力的老弱之兵登上城楼镇守。孙恩的部下看到城楼上的变化，深感惊奇，便远远问道：“刘裕哪里去了？”城头的士兵依照事先的嘱咐答道：“已经连夜率部跑了。”孙恩的部众一听是大喜过望啊，这个克星可算是跑了，一时间也没有细想，就入城了，结果刚一进去，刘裕一马当先率领伏兵杀出，贼兵措手不及，被杀得大败而逃，经过这次战斗，孙恩彻底失去了击败刘裕的信心，于是率军往沪渎垒，今天上海市旧青浦镇西，宋代已沉入江中。
刘裕弃城追击，这时，出来一位不知好歹的人，他就是海盐的县令鲍陋-_-|||，这个名字。
。。这家伙不知自己吃几碗干饭，看刘裕老打胜仗了，以为孙恩也不过如此，就坚持让自己的儿子鲍嗣之率领一千兵作为前驱人马追击孙恩，刘裕劝告说：“贼兵甚精，吴人（吴地的人，指当地人）不习战。若前驱失利，必败我军，可在后为声援。”鲍陋听不进去，坚持让自己的儿子去，这天的晚上，刘裕预先设伏，多设置了许多的旗鼓，但一处不过数人而已，第二天孙恩一看追兵到了，就率万人迎战，前驱刚刚交锋，刘裕的伏兵四出，摇旗鸣鼓，孙恩的部众以为四面都有埋伏，于是撤退了，鲍嗣之不知好歹，就去追击了，孙恩一看：“丫的，老子打不了刘裕还打不了你么？！”于是率军大杀一阵，鲍嗣之变成
“暴死之”了，他那一千人也完蛋了。随后赶到的刘裕也被包围了，这时孙恩已经知道刘裕的人马不多，于是包围了刘裕，刘裕且战且退，部队伤亡殆尽，刘裕也觉得自己可能要战死了，退到伏兵的地方，刘裕一看满地都是阵亡士兵的尸体，顿时有了一计，他让士兵停止撤退，脱取阵亡士兵的衣物，敌人一看，很意外，以为还有伏兵，刘裕趁机大喊着杀向贼兵，于是孙恩的部众以为又中了刘裕的埋伏，慌忙退去了，于是刘裕徐徐归城，招集败兵，人马又稍稍集结了些。
《宋书·卷一·本纪一·武帝上》是这样记载的【高祖且战且退，贼盛，所领死伤且尽。
高祖虑不免，至向伏兵处，乃止，令左右脱取死人衣。贼谓当走反停，疑犹有伏。
高祖因呼更战，气色甚猛，贼众以为然，乃引军去。高祖徐归，然后散兵稍集。
】高祖就是刘裕的庙号。诸葛亮的空城计是虚构，刘裕版的
“空城计”可是货真价实，从这里可以看出，刘裕已经具备了一个名将的素质，不但善于打胜仗，而且善于打败仗！
你可能奇怪，怎么打败仗还分善不善于打呢？其实，败仗不可怕，可怕的是溃败，一败就全打散了不可收拾，许多惨败就是因为失败后的溃散造成的，刘裕能够做到败而不乱，重新招集了人马，这是非常难得的。
孙恩没能打败刘裕，不过终于在五月击破了沪渎垒，同月刘裕又在娄县，今江苏昆山东北打败了贼兵，孙恩呢，乘着攻破沪渎垒的锋锐，一路上收编掳掠了十余万的士兵和许多楼船（楼船是一种具有多层建筑和攻防设施的大型战船，外观似楼，故名楼船。
汉代大型战舰
“楼船”高十余丈。当时一尺是23厘米，一丈是230厘米，十余丈接近30米，比一般的五层楼房还要高。
三国时东吴建成五层战船，可载兵3000人。楼船不仅外观巍峨威武，而且船上列矛戈，树旗帜，戒备森严，攻守得力，宛如水上堡垒。
）进军到了丹徒，今天江苏镇江丹徒区，刘裕也是镇江人，所以也算他的老家了，这时刘牢之驻兵在山阴（今浙江绍兴），来不及增援，便命刘裕从海盐倍道（兼程而行;指一日走两日的路程）前行，阻击孙恩。
当时刘裕的兵力大概只有千人，长途奔袭，而丹徒的守军毫无斗志，孙恩的人马有十余万人，可是刘裕一无所惧，照样痛击孙恩！
孙恩的人马刚刚登上蒜山，今天镇江长江路西的一座小山，居高临下，占据了有利地形，以为攻打丹徒易如反掌了，没想到马上遇到了刘裕的攻击，掉到山岩下、水里的有许多，一时间伤亡惨重，孙恩狼狈逃回了楼船上，虽然又一次被打败，但他的实力仍然相当雄厚，于是坐着楼船向建康进发，因为逆风行驶不利，又听说刘牢之已经回师，知道东晋有了防备，于是挥军向北占领了郁洲，今连云港市北云台山附近，这年八月，东晋封刘裕为建武将军，五品，下邳pī太守，让他攻打郁洲。
刘裕果然是孙恩的克星，在郁洲大破孙恩，孙恩率残兵南逃泸渎垒，十一月，刘裕追击到了泸渎垒，孙恩又逃往海盐，（孙恩：我逃，我逃，我逃逃逃！
刘裕：你再能逃我也能灭了你！）经过三次大战，刘裕大获全胜，俘虏了万余人，这时孙恩也倒霉，遇到了瘟疫，剩下的残兵败将又死了不少，于是从浃jiā口，今天宁波镇海口逃往临海，从此一蹶不振，后来投水自杀，
“登仙”去了，他的余众推举他的妹夫卢循为首领，后来给刘裕还造成了挺大的麻烦，这是后话了。
这对于刘裕来说仅仅是个开始，一场军事政变，让这个军事将领成为了历史的第一主角儿。
这还要从桓玄篡位说起，桓玄字敬道，小名灵宝，东晋大司马桓温的小儿子。
自幼深受桓温钟爱，以至桓温临终时一反长子继承的常规，命当时年仅四岁的桓玄为继承人，袭南郡公的爵位。
桓玄七岁时，守丧三年期满，原桓温属下的文武佐吏都来向桓玄叔父，荆州刺史桓冲告别。
桓冲抚摸着桓玄的头告诉他：“这些人都是你家的故吏！”桓玄应声痛哭，哀动左右，众人无不惊异。
数年之后，桓玄长得容貌不凡，仪表堂堂，风度翩翩，学识广博，又能写一手好文章。
他自恃门第高贵，才华出众，常常以英雄豪杰自居，令人望而生畏，朝廷也有所疑虑而不加擢用。
直到23岁，才被拜为太子洗马。时人纷纷议论桓温晚年有不臣之迹，桓玄兄弟因此遭到排挤，朝廷只让他们作些无权的闲散官。
一次，桓玄去拜见琅邪王司马道子，正值饮宴，宾客满座。司马道子喝得醉醺醺地，突然问众人道：“桓温晚年是不是想造反？”桓玄吓得拜伏在地，不敢起身。
琅邪王骠骑长史谢重举起手板回答说：“已故宣武公（桓温）废昏立明，功过伊尹、霍光，人们的种种议论，应当有所识别。”道子点头，桓玄这才爬了起来。
从此，桓玄的心中更加惴惴不安，对司马道子怀恨在心。后来他担任了义兴太守，他不屑于干这么个小官，于是辞职回江陵，就是现在的荆州市，那里是桓家的老地盘儿，于是他在江陵发展自己的势力，先后消灭了荆州刺史殷仲堪、雍州刺史杨佺期等敌对势力，独霸荆州，在孙恩暴乱时，他屡次请求出兵，东晋朝廷惧其势大，没有答应。
孙恩退兵后，他给司马道子写了封信，狠狠责备了司马道子和他儿子司马元显一顿，父子俩非常恐惧，司马元显有个谋士叫张法顺，劝他先发制人，以以刘牢之的北府兵为前锋，出兵讨伐，必能搞定桓玄。
司马元显迟疑不定，恰好桓玄的部下、武昌太守庾楷送来一份大礼，主动请缨做内应，配合朝廷方面的军队夹击桓玄。
司马元显大喜，便在晋安帝元兴元年（公元402年）正月称诏将桓玄的罪状罗列一遍，大举水陆两路讨伐。
结果因为桓玄的堂兄桓石告密，使得桓玄有了准备，（原先司马元显打算把桓氏子弟除掉，结果因为他的手下王诞说情而没有下手，终于为后来自己的败亡埋下祸根，所以在政治军事斗争中千万不能仁慈，否则就是自己找死）桓玄一见朝廷发重兵讨伐，心里也有些没底，于是打算固守江陵，徐图对策，那么他能抵御朝廷的征伐么？
司马元显又会怎么对付他呢？
403年二月，桓玄为提高威望，上表请率领诸军扫平河、洛（河南、洛阳，这里指中原地区）然后指使朝廷下诏制止，便称
“奉诏故止”。九月，使朝廷拜自己为楚王，封十郡（划出十郡作为自己的封国）加相国、加九锡（九种礼器，是古代君主赐给大臣、诸侯的，一曰车马，指金车大辂hé车辕上用来挽车的横木，和兵车戎辂，金车，应该是指青铜车，玄牡mǔ公的鸟兽，二驷，一驷是四匹，驷马难追就是这个驷，玄，是黑，也就是黑马八匹、二曰衣服，指衮gǔn绣有龙的礼服，冕之服，加上配套的赤舄（xì鞋)一双、三曰乐则，指定音、校对音的器具、四曰朱户，指红漆大门、五曰纳陛，有两种说法，一是登殿时特凿的陛级，使登升者不露身，就好像贵宾专用通道。
二是阶高较矮的木阶梯，使登阶别太陡、六曰虎贲（bēn）勇士、侍卫，守门之军虎贲卫士若干人、七曰弓矢，彤，红色弓一把，矢，也就是箭，百枝，玄弓矢千，黑色的弓一把，箭千枝、八曰斧钺，钺是大斧、九曰秬jù鬯chàng指供祭礼用的香酒，以稀见的黑黍shǔ就是小米和郁金草酿成）楚国置丞相以下官属等等这一套形式，他上表请求返回藩镇，然后自作诏挽留，再上表固请，逼皇帝出手诏坚留（其实当时的皇帝晋安帝司马德宗是个超级大白痴，到了寒暑不知，话也不会说的程度-_-|||，那个晋惠帝司马衷比起他来，真是小白见大白了，倒很想知道这么个白痴写的手诏会是个什么样子的^_^）桓玄还暗中指使人献所谓祥瑞，他生性贪婪无厌，喜爱奇珍异宝，终日珠玉不离手，别人有好字画及佳园美宅，都千方百计地据为己有，不好意思当面抢夺，就以赌博为手段，变着法儿夺取。
又喜欢阿谀奉承，厌恶臣下进直言。。。可笑的是，他认为以前改朝换代的时候，天下都有隐士，眼下没有隐士很没面子，就派人找来前朝隐士皇甫谧mì的后裔皇甫希之，拨了经费，让他去山里面隐居；然后再征召他做着作郎，让他
“固辞不就”；最后下诏封他做
“高士”对这家伙已经无语了。。。正当桓玄得意之际，一连串的打击接踵而至：先是被他视为左膀右臂的兄长荆州刺史桓伟突然病死；接着殷仲堪的余党、新野人庾yǔ仄zè聚众七千，起兵襄阳，赶走了守将冯该；南蛮校尉庾彬等人谋为内应，江陵震动；桓玄之侄桓亮也以讨伐庾仄为名，乘乱起兵罗县，自称平南将军、湘州刺史，这两次事（百度二比）件虽很快被平定下去，但却给桓玄以巨大的精神压力，所以他决定立即进行禅让。
不过他对北府兵的将领，特别是刘裕的态度是否支持呢？他的心里没有底，此时的刘裕已经继刘牢之之后成为北府兵的领袖人物了，他的态度举足轻重！
于是他派堂兄桓谦赶赴彭城去问刘裕：“楚王德高望重，朝廷的意思是要禅让，你认为怎么样？”刘裕这时已经看出桓玄不是个成大业的人，就想干掉他，为了麻痹桓玄，回答说：“楚王是宣武（桓温的谥号）之子，勋德盖世，晋王室衰微，早失民望，趁机禅代，有什么不可以！”桓谦大喜，说：“你说可以就是真可以了！”楚王勋德隆重，四海归怀。
朝廷之情，咸谓宜有揖让，卿意以为何如？”高祖既志欲图玄，乃逊辞答曰：“楚王，宣武之子，勋德盖世。晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可！”谦喜曰：“卿谓可尔，便当是真可尔。”那么刘裕怎么又到了彭城？
这段时间他又在做什么呢？前面说过，孙恩挂了以后，他的妹夫卢循被推举成了首领，桓玄为了安抚他，想求个宁静，就封了他永嘉太守，不过卢循虽然当了官儿，仍然不改流寇作风，暴行依旧。
所以桓玄派刘裕去讨伐他，卢循和孙恩一样，是见刘裕必败的主儿，经过几次大败他只得又南逃回了海岛上。
桓玄得到了刘裕的支持，在403年12月称帝，建国号
“楚”把晋安帝司马德宗迁居到寻阳(今江西九江西南)封了个平固王，追尊其父桓温为宣武皇帝，庙号太祖；立其妻刘氏为皇后，大封桓氏兄弟子侄为王，文武加官进爵。
随后迁居建康宫，修缮宫室，大兴土木，为炫耀自己的聪明，百官奏事或一字写得不合体，或语句有些毛病，都要挑出来指摘一番，甚至贬官降职，事必躬亲，或亲自安排值日官，或自选令史一类的小官，诏令一道接一道，主管官员应接不暇。
而朝纲大事不抓，法度不立，奏案堆积如山。他又喜欢游猎，常常夜以继日，性情又急躁，呼唤召谁都非常严厉，刻不容缓，宫内一片喧哗，不成体统。
百姓疲累，朝野怨怒想造反者十有八九。当时他的堂兄桓修去朝见他，刘裕随同也到了，桓玄为了笼络刘裕，厚待了他，他对司徒王谧mì说：“昨天见到刘裕，他的风骨（风度、气质）不平常啊！真是位人杰！”有人对他说：“刘裕走路行动时有龙虎那样的气势，顾盼的神态不凡啊！恐怕不是个久在人下的人，应该早想办法除掉他”
“刘讳龙行虎步，视瞻不凡，恐不为人下，宜蚤为其所。”
不过卢循得便宜还卖乖，派人送给刘裕一大篓“益智粽”（你丫就是那蔡明小品里的“缺心眼子”吃这个补补脑吧！）刘裕市井出身，当然明白其中含义，便回赠卢循一大坛“续命汤”中药（且，刘爷偶先留你一条命，让你小子再多活些几年，等偶有空一定去废了你！）
就在当月，刘裕出镇丹徒，这样既安全，因为待在自己的大本营里，又方便，在自己地盘上谋划个什么事情都很方便，不怕泄密，一举两得。
这时，刘裕的铁丝刘敬宣听说桓玄挂了，也从南燕回到了东晋，刘裕又得了一员大将。
刘裕针对东晋混乱的情况，利用自己的威势大加整顿，同时自己以身作则，使得东晋的政治状况在很短的时间里大为改观了。
刘裕在外交方面也取得了空前胜利。他派使臣出使后秦，以平等姿态向姚兴示好，并要求讨还原为东晋领土的南乡（陕西西乡县南）诸郡。姚兴大儒出身，竟出人意料地答应交还如许一大片土地。
内政安定了，该对外用兵了，当时谯纵割据四川，而且卢循与他联系密切，桓玄的堂兄桓谦在兵败后也入梳投奔了谯纵，这对刘裕构成了威胁，为此，在义熙二年，406年刘裕派司马荣期统兵讨伐谯纵，此次伐蜀乃是过后两年刘敬宣伐蜀的前奏，马荣期首战进击白帝，攻破谯明子，占领白帝城。紧接着，刘裕以龙骧xiāng将军毛修之统军，作为增援。毛修之行至宕渠，司马荣期为参军杨承祖所杀。修之遂退屯白帝，与汉嘉（今四川彭水县东）太守冯迁合兵击杀杨承祖，并准备继续进讨。但继任的益州刺史鲍陋，却在白帝滞留不前。于是毛修之上表朝廷，力主讨伐。毛修之祖父毛虎生、伯父毛璩、毛均曾任益州刺史，父亲毛瑾为梁州刺史，毛氏家族在益、梁地区曾经营了很长时间，后谯纵之乱，璩、瑾皆为谯纵所害，因此毛修之主张讨伐，怀有报复私仇的动机。
毛修之上表后，刘裕一则考虑到如果让谯纵、卢循、桓谦等人联合起来，将是自己非常大的威胁，二则也考虑到毛修之的可怜之情，遂派刘敬宣率五千人伐蜀，以刘道规为征蜀都督。
刘敬宣不负刘裕所望，身先士卒，转战千里，无所不克，一直打到离成都500里的黄虎（今四川绵阳东南涪江畔）谯纵的辅国将军谯道福坚守不战，与刘敬宣相持了俩来月，恰好此时刘敬宣的部队又开始流行瘟疫，刘敬宣只好无奈的撤退了。
刘敬宣败归后，刘毅主张治他重罪，当初刘毅少年时，给刘敬宣当参军，当时不少人都认为刘毅是个豪雄人物，可是刘敬宣很不以为然，刘毅深为怀恨，再加上刘敬宣是刘裕得力的大将，为了打击刘裕（他很有学问，博涉书史，自以为不比刘裕差，很想和他争雄）所以他坚持要重办刘敬宣，不过在刘裕和何无忌的保护下，最终刘敬宣只是被免官，封地减少三分之一。
义熙三年十二月，司徒王谧去世，本来应该刘裕成为辅臣，也就是实际的宰相，但刘毅不想让刘裕进入中央政（百度二比）府，打算让中领军，（这个在说赵云时讲过）谢混担任扬州刺史，也有人打算让刘裕在丹徒兼管扬州，而把朝中的政务交给孟昶管理。朝廷特意派尚书右丞皮沈带着这两个方案，前去征求刘裕的意见。皮沈首先拜见了刘穆之，把朝廷讨论的情形全部告诉了他。刘穆之假装起身上厕所，秘密地写了一张条子给刘裕：“皮沈说的话，千万不要同意。”刘裕召见皮沈后，暂时先让他出去，又把刘穆之叫进去询问。刘穆之说：“晋朝对朝政失去控制，时间已经很久了，现在上天的福运已经转移，您兴复皇家的事业，功勋高得与万古同在，既有了这样的大功，就应该有与之相称的大位。功勋大地位高，不是可以持久的，以公您今天的形势，怎么可以总是谦让来削弱自己，遂做一个藩镇将领呢？刘、孟诸公，和公您都是起自布衣（老百姓）共同起兵，为的是匡扶君主，以取富贵，因为起义时您是最先的，所以他们推举您做了盟主，并不是真的心服您，只是一时因为形势的关系，定下了现在的地位，等他们和您力量势均力敌时，肯定要想吞并您的，扬州是根本所在，上次把它交给王谧，是一时的权宜之计，并不是始终都要这样的！现在如果还把它交给别人，就应该受制于人了，权柄一旦失去，再想得到就不可能了。而公的功勋非常高，不可只如此的，那么朝廷对您的疑虑畏惧交加而至，将来的危难实在无法想象了！现在朝廷这样商议，您理应表明一下态度，作出回答。但是如果说只有我自己合适，又未免难于启齿，所以只有这样说：‘中央地区是治理国家的根本所在，辅佐君王的宰相一级官员，地位非常重要。选定这样的官员既然如此重大，便决不可以在外地随便发几声空议论敷衍，最近我打算抽时间前往京都，再与你们一起充分地交换意见。’您到了都城，他们一定不敢越过您再把这官职交给别的人。”于是刘裕照做，果然，朝廷征召刘裕任侍中、车骑将军（二品，次于大将军、骠piào骑将军，开府仪同三司是一种荣誉虚衔，指开府，设立自己的幕府，礼仪同于三司，司空、司马、司徒）也就是扬州刺史、录尚书事，他原来的徐、兖二州刺史的职务仍然兼任。
这一战，晋军阵斩南燕大将段晖等十余人，斩获其他士兵等千余人，慕容超被吓破了胆！
刘裕乘胜又攻取了广固的外城，慕容超只能退守内城了。于是晋军构筑其环绕整个城池的工事，内外筑起了三层壕沟，高沟高三丈，可以说是连鸟儿也飞不出去了！
刘裕派人告知东晋，停止运输粮草，就近在南燕取食。到了七月，慕容超的大将垣遵、垣遵弟垣苗率众归顺，刘裕准备攻城的器具，城上的人见了说：“你得不到张纲，能有什么作为呢？”张纲是慕容超的大臣，是个发明家，恰好这时慕容超派他去向后秦姚兴称藩臣，请求援助，姚兴虽然答应了，但是心里忌惮刘裕，没有发兵，张纲从长安回来时，被泰山郡（今山东泰安东北）太守抓住，送给了刘裕，这下，这个工程师派上了用场，刘裕立即让他大造攻城器械，慕容超求救不成，反而损失了张纲，心里非常忧惧，他写信给刘裕，请求向东晋称藩，把大岘关以南的土地全部割给东晋，刘裕这时想的是灭了南燕，自然不会答应。
此时，姚兴派使者来见刘裕，恐吓说：“慕容超是我们的友好邻邦，他来告急，现在我们派铁骑十万，集结在洛阳，如果你们不退的话，我们就发兵了。”刘裕回答说：“告诉姚兴，我平定南燕以后，休整三年，当去扫平关中、洛阳，现在你们自己送上门来，就快些来吧！”当时刘穆之也在军中，听说此事，急忙来见刘裕说：“平常事无大小，肯定和我商议，这件事情应该好好仔细商议的，怎么这么仓促就回答了呢？公答复姚兴的话，不能威慑敌人，正可以激怒敌人，如果南燕没有及时攻下，后秦的救兵又到了该怎么办呢？”刘裕回答说：“这是兵机，不是你所了解的，所以不和你说，兵贵神速，如果他们真的派人来，应该怕我知道，现在却派使者来告知，这不过是虚张声势而已”果然是天亡南燕。
姚兴确实不是仅仅虚张声势，他还真派大将姚强率一万精骑前往洛阳，准备与当地的姚绍一起合兵，前来广固救慕容超。
不巧的是，赫连勃勃大败秦兵，姚兴自顾不暇，忙追还姚强的精兵还卫长安。
韩范见状大叹：“真是天亡燕国啊！”正好，刘裕密使赶到，思忖一番，韩范便归降东晋。
刘裕派人用车拉着他在城下转了一圈儿，城上的人见了，彻底傻眼了。
就这样，刘裕一直围困到了410年二月，才开始攻城，很快就攻破了，慕容超率数十骑逃跑，被晋军抓住，刘裕历数他不降的罪状，慕容超没有说话，只是把母亲托付给刘敬宣，当年他与刘敬宣同在后秦，有过交情，然后刘裕把他让人把他押到建康斩首。
刘裕痛恨广固久攻不下，想把城里的人全部坑杀，韩范劝道：“晋朝皇室南迁，中原就像在鼎里煮沸了那样混乱，老百姓没有援助，只能谁强大就依附于谁，既然是南燕的臣民，就必须为之尽力，他们都是原来汉人旧族，先帝的遗民，现在王师是为了吊民伐罪，（慰问老百姓，讨伐有罪的人）如果把他们都坑杀了，怎么能使人归附呢？恐怕西北的人都不想来了”于是刘裕改容谢之，赦免了百姓，不过把王公大臣、宗室等杀了三千余人，慕容家估计一个没剩，这么做残忍了些，但是，这是必须的！
对敌人的仁慈，就是对自己的残忍，当年苻坚对亡国贵族一个没杀，淝水之战后这些人一个个全都起来反叛，偌大一个帝国很快崩溃了，如果刘裕也饶过他们，说不定啥时候他们就起来造反了。
就在这时，刘裕的后方出事儿了，原来，徐道覆得到刘裕北伐的消息，便写信劝卢循趁虚而出，袭取建康，卢循还做着偏安梦呢，没有听他的劝告，于是他亲自到番禺（yú今天广东番禺）劝说卢循说：“咱们现在住在岭南（所谓岭南是指五岭之南，五岭由越城岭、都庞岭（一说揭阳岭）萌渚zhǔ岭、骑田岭、大庾岭五座山组成。大体分布在广西东部至广东东部和湖南、江西五省区交界处，此处指广东地区）这里，可不是个正理啊！正因为是刘公太厉害，咱们难以和他为敌啊，现在他打攻坚战，还不知何时回来，现在咱们的士兵都想回到家乡，以这样思归的士兵，袭击何无忌、刘毅，那是易如反掌。如果不趁这个机会而只顾保一日的平安，若等刘公平定了齐地（南燕地属于春秋战国时代的齐国）稍微休整一二年，肯定奉诏征伐您，如果刘公亲自率军至豫章（南昌）遣精锐部队过岭南，就算将军您英明神武，恐怕也肯定打不过呀！今日的时机，千万不可失去，一旦攻克了首都，他的根据地也就没有了，到时刘公虽然回来，也无能为力了”卢循一听，恍然大悟，马上行动起来，就在当月，徐道覆攻打南康（江西南康市）庐陵（江西吉安市）豫章，几郡的太守都城逃走了，卢循则率军越五岭，经长沙、巴陵(今湖南岳阳)直指江陵，击败刘道规。
东晋朝廷慌忙征召刘裕回师，此时徐道覆的军队已经开到了豫章附近，何无忌这时正驻守寻阳（江西九江）闻报急于出战，因船小不敌徐道覆的大船，又遇到西风，小船被吹到徐道覆的大船附近，晋军很快溃散，何无忌当场战死。
何无忌死得非常勇烈，《晋书·何无忌传》：“无忌尚厉声曰：‘取我苏武节来！’（一种节杖，最早是汉代苏武所持）节至，乃躬执以督战。贼众云集，登舰者数十人。无忌辞色无挠（弯曲，指敌人登舰后，何无忌也没有屈服）遂握节死之。何无忌的死讯传来，东晋朝廷大为震惊，甚至打算放弃京城，向北投奔刘裕，幸好刘裕已经得到诏书，留下刘穆之、南燕降将韩范、封融等人，自己率大军南归。（刘裕走后不久，刘穆之就以谋反为名将韩、封等人捕杀。）到了下邳，用船载了辎重，自己率领步军先归，刘裕回到山阳郡（江苏淮安）时，听说了何无忌战死的消息，于是和数十人日夜兼程到了淮上（安徽蚌埠淮上区）向行人打听消息，行人说：“贼兵还没有来，如果刘公回来了，就没有可忧虑的了”（这里可以看出，刘裕已经赢得了百姓的尊敬和信任）刘裕一听大喜，随即坐船过了长江，回到京口，四月，刘裕回到京师，东晋朝廷这才松了一口气。
这时，刘毅又遭败绩，怎么回事呢？原来卢循、徐道覆起兵时，刘毅正好有病，他的病一好，马上上表请求南征，刘裕怕他有失，亲自给他写了封信：“我以前经常击妖贼（指卢循、徐道覆）知道他们的变化情况，他们新近取胜获利，锋芒不可轻视，我现在正在准备船只，等完工后和你一起发兵，等平定了卢循，长江上游的大权都交给你。”刘裕遗毅书曰：“吾往习击妖贼，晓其变态。贼新获奸利（通过奸诈的手段获得的利益，贬称）其锋不可轻。今修船垂毕，当与弟同举。克平之日，上流之任，皆以相委。”又派了他的弟弟刘藩去阻止他，刘毅得信后，大怒，说：“以前因为一时的功劳不及刘裕，所以推让他，你便因为我真不如刘裕么！”毅怒，谓籓曰：“往以一时之功相推耳，汝便谓我真不及刘裕邪！”说完，把刘裕的信扔在地上，坚持出发。
这时卢循的西路军已经攻下巴陵，正要攻打江陵，徐道覆的东路军则已逼近寻阳，听说刘毅来了，立即派快马通报卢循说：“刘毅兵众很多，成败之事在此一举，你我应该合力对抗。此战若捷，则天下可定，江陵更不足忧了。”卢循十分高兴，便从巴陵顺江而下，与徐道覆联兵一处，共同进军，与刘毅的军队在桑落洲（今江西九江东北）大战。
卢循的两路水军有十万之多，刘毅完全不是对手，一败涂地，丢了船只，带了几百个随从步行逃走，其余部众、船只、武器都被卢循缴获。
卢循刚到寻阳，听说刘裕回来了，开始不信，后来审问俘虏，知道刘裕真回来了，大惊失色，于是就想据守此地，拿下江陵以对抗刘裕，徐道覆坚持应该乘胜而进，卢循犹豫了多日才听了他的话，他们乘胜进军江宁，逼近建康，卢循军这时拥兵十余万，战船连绵百里，声势浩大，建康城内的兵力只有几千人，众寡悬殊，朝中要求北迁者如诸葛长民等越来越多，包括曾经支持刘裕的孟昶，也强烈要求北迁。
刘裕回答说：“现在外重镇已经失去，内有强寇来逼，大家都很害怕，没有固守的意志，若一旦迁动，那么马上就会土崩瓦解，江北又怎么能到得了呢！就算到了江北，也不过多延缓几天，现在兵力虽然少，也足以一战，如果获胜了，那么没的说，如果万一失败了，那么我当以死捍卫社稷，横尸在太庙（皇帝的家庙，皇帝祭祀祖先的地方）门前，遂我素来以身许国的志愿，肯定不能远窜到草间苟活，我已经决定了，你不要多说了！”
孟昶回府后，写了一封谢罪的表文，然后就自杀了。于是刘裕开始招募士兵，发动居民修筑石头城，全城戒（百度二比）严，有人建议刘裕分兵据守各处要害，刘裕说：“贼众我寡，若分兵的话，就会被对方探测到虚实，且一处失利，三军的军心士气都会沮丧了，现在聚众在石头城，随机应付，贼人就不知我们兵力多少，兵力又不致分散，分兵的事，还是以后再讨论吧”刘裕一面招募士兵，一面加紧修筑查浦、药园、廷尉三处堡垒，加强防御。
再说徐道覆，他不但有识，而且有胆。他知道己方已处绝对优势，而刘裕的军队为伤病困扰，还在休整之中，正是毕其功于一役的时机，便向卢循请求，从新亭、白石烧船上岸，分几路进攻建康，与刘裕决战，但卢循却犹豫不决，于是徐道覆叹息说：“我终为卢公所误，事必无成；使我得为英雄驱驰，天下不足定也！”（
“我终究为卢公所误，大事肯定无成；如果使我能够为英雄所用，平定天下也不算什么。”）果然，等到堡垒修成，卢循再来攻打就接连失利，退回寻阳，刘裕遣王仲德、刘钟、蒯kuǎi恩三将追击，同时开始大造战船。
卢循又派他的大将荀xún林攻打江陵，桓谦也和谯道福从四川率军两万和荀林会和，刘道规击破桓谦，在枝江（湖北枝江市）斩杀了他，又大破荀林于江津（重庆市江津区）在竹町tng(此地不可考，大家将来有机会去江津区附近打听一下）斩杀了他。
当初卢循退走，刘裕知道他肯定要攻打江陵，于是派淮陵（江苏盱眙xūyí县西北八十五里）内史索邈miǎo率领骑兵援荆州，又让建威将军孙季高率众三千，自海道袭番禺，卢循的军队北上，几乎是倾巢出动，番禺的防守早被忽略，番禺很快失守，十月，刘裕率军南伐，在雷池（安徽望江县东南10公里）大破卢循，徐道覆攻江陵又被刘道规打败，卢循逃回豫章，在在左里一带（今江西都昌西北）筑起栅栏，却挡不住刘裕新建水军的强大攻势，死伤惨重，卢循只坐了一条小艇逃跑。
卢循与徐道覆退到广州境内，还想负隅顽抗。义熙七年（公元411年）初，徐道覆的始兴城被晋军攻破，徐道覆战死。
卢循攻不下孙处固守的番禺，继续退入交州，最终被逼到龙编（今越南河内东）的一条河边，投河自尽，卢循就这样结束了他可耻的一生。
北平南燕，南灭卢循，刘裕又一次为东晋立了大功，东晋于是加封他为太尉（三公之一，主管军事，和
“都督中外诸军事”的不同在于，后者是遇到重大军事行动，或者有重要的权臣而设的，并不是任何时期都有，而太尉不同，它是常置的）中书监（中书省的长官，与中书令类似而位略高，也是宰相的头衔）这时，外患没有了，刘裕和老战友的矛盾也就尖锐了，在当初讨桓玄的诸人中，何无忌、孟昶已死，能对刘裕构成威胁的也只有刘毅和诸葛长民了，而对刘裕威胁最大的，就是刘毅，此人颇有才略，自视甚高，以为自己才能不在刘裕之下，所以常有不平之意，总想和刘裕争个高下，此时刘毅新败，在功劳上就逊了刘裕一筹，于是就想出镇大州，形成割据势力以对抗刘裕。
恰好这时荆州刺史刘道规告病回乡，刘毅趁机要求代替他的职位，刘裕答应了他，任命他为卫将军，都督荆、宁、秦、雍四州诸军事，并转为荆州刺史，而把豫州刺史的头衔给了自己。
刘裕的这一招，看起来是给刘毅升了官，并把长江中上游的兵权在名义上交给了他，实际上呢，却不是一般的精明，刘裕用的是欲擒故纵的办法，想对付刘毅暂时没有借口，不如把他外放让他扩展自己的力量，在时机成熟时才一举消灭他！
果然，刘毅上当了，在将要赴任时，他对刘敬宣说：“吾忝（tiǎn，羞愧，谦词）西任（荆州在建康西）欲屈卿（卿，对朋友、部属比较亲昵的称呼，和帝王称臣子的卿不同）为长史、南蛮，岂有见辅意乎？”（我将要担任荆州刺史了，想委屈你担任我的长史、南蛮校尉，不知你肯辅佐我么？
）刘敬宣一听，辅佐你？这明显是拉拢我啊，是不是这家伙对刘公有什么想法，想造反吧？
！心里一害怕，支吾了几句，马上去告诉了刘裕，刘裕一听，笑着说：“但（但，肯定）令老兄平安，必无过虑。”刘裕此时，早已经打好了主意，就等着刘毅进圈套呢！
果然，刘毅上表说荆州在桓玄之乱后户口数量急剧下降，兵器也少，要想组建军队不太容易，要求再都督交、广两州，刘裕同意。
刘毅继而要求任命亲信郗僧施为南蛮校尉、后军司马，毛修之为南郡太守，刘裕照旧同意。
宁远将军胡藩认为刘毅是个不甘为人下的人，早晚是要造反的，劝刘裕早些除掉他，刘裕说：“吾与刘毅俱有克复之功，其过未彰，岂可自相图也。”这话说得很耐人寻味，俱有克复东晋江山的大功，因为刘毅的
“过”未彰显，所以才不可自相图，那么如果他的过已彰了呢？刘裕等的就是已彰的那一刻，他没有等太久，刘毅抵达江陵，重新调整当地的官员，换上自己的亲信，并收编了一批江州兵，大约一万多人，故意留在手中不遣返。
他又以自己染病为由，向朝廷上书，要求把从弟刘藩从广陵调来作副手，刘裕又一次假意答应，暗中开始行动。
刘藩进京受职，刘裕便以诏书的名义，指责刘毅图谋不轨，反叛之心日久，刘藩、尚书左仆射谢混等人便是同党，不可宽恕。
刘藩和谢混半个
“反”字还没说呢，就被刘裕先下手赐死。刘裕的动作极为迅速，他亲自率军从建康出发，逆流而上，讨伐刘毅。
参军王镇恶提出自领一百艘快船为先锋。刘裕采纳了他的建议，在大军到达姑孰后，以王镇恶为振武将军，与龙骧将军蒯恩指挥一百艘快船先行。
临行前，刘裕对王镇恶面授机宜：“如若敌人知道我要来，不妨等大军到，也不过数日而已。若要对战，应该下船上岸。你到了那边，必须仔细考察形势，如果打得过，就进攻，不然的话，就把船舰烧了，在水边留些快艇，等我大军开到。还有，一定要多方慰劳百姓，宣传诏书的旨意：罪责只是针对刘毅一人的，其余人等一概赦免不问罪。假若敌人不知道我方进军的消息，不作防备，也可以考虑突袭。一路上行军，就说是兖州刺史刘藩的船只。”先锋船队以刘藩的名义昼夜兼程，西上荆州。
刘毅及其部下都信以为真，没有作任何抵抗。不到一个月，王镇恶等人就抵达了豫章口（今湖北江陵东南），距离江陵城仅二十里。
王镇恶见刘毅毫无防备，便弃船步行进军，蒯恩的军队在前，王镇恶的军队紧随其后。
每条快船都留一两个人，并在船上俺边竖旗安鼓，吩咐驻留的人等到先锋军队快要到江陵城时，便击鼓呐喊，显出后有大军的模样；又派一支小分队，暗中烧毁刘毅停在江津（今湖北沙市东南）的船舰，断其退路。
仍然没有路人对这支先锋部队有所怀疑，都以为是刘藩来赴任呢。离城不到五六里了，迎面来了十来个骑兵，数十个步兵，为首之人是刘毅的大将朱显之。
朱显之是奉刘毅的命令，要去江津执行任务，他见蒯恩、王镇恶的装束颇为奇怪，便问道：“来者何人？”王镇恶照例答道：“刘兖州来了！”朱显之又问：“那刘兖州本人在哪里呢？”答道：“在后面还没上来。”朱显之心中生疑，放眼远眺，忽见江津方向火光冲天，鼓声大作，这才明白来的不是刘藩，赶忙转回城去，向刘毅报告，刘毅闻讯大惊，紧急下令关闭各城门，可惜晚了一步，蒯恩、王镇恶率领部下从外城东门突入，立即分兵攻打内城的东门和西门，王镇恶又分出兵力攻打南门，两军混战，从早上打到下午，城里的几千守兵基本上走的走，降的降。
王镇恶杀入内城，因风放火，烧了外城的东、南二门。王镇恶派人把诏书和赦文送给刘毅，刘毅看也没看，给烧了，继续与司马毛修之指挥士兵全力一战。
双方在内城中展开肉搏战，这些士兵中有不少都是当初北府旧将，相互间熟悉得很，王镇恶让部下一边打一边做宣传，告诉刘毅的士兵，刘裕本人就在后头。
这一着果然奏效，王镇恶的军队很快占了上风。此时已近半夜，王镇恶担心深夜里士兵自相残杀，便率军包围内城，而打开南门，引诱刘毅出逃。
刘毅害怕南门有埋伏，带了剩下三百多个人向北杀出一条血路，最后从外城的东门逃了出来。
他逃到离城二十里的地方，自缢而死，就这样，刘毅结束了自己的一生。
再来介绍下王镇恶，他是前秦名相王猛之孙，前秦败亡后，他便流落民间，后来跟着叔叔归东晋，客居在荆州，他喜欢读兵书，虽然没有什么武艺，但是刚毅果断，很有军事才能，刘裕攻广固时，他正在湖南临澧lǐ县当县令，有人向刘裕推荐了他，于是刘裕派人把他招来，一谈，刘裕对他的才能很惊讶，于是留他同宿，第二天对人说：“镇恶，王猛之孙，所谓将门有将也！”王猛当年既是名相，也是名将，所以刘裕说是将门有将，于是刘裕就把他留在了身边做自己的参谋，在卢循之乱时，王镇恶在查浦抵御卢循，屡有战功，此次平定刘毅，更是奠定了他刘裕手下第一大将的地位。
刘毅死后，刘裕的主要对手就只有诸葛长民了，征讨刘毅时，为了安抚诸葛长民，就让他监管太尉府，刘裕走后，诸葛长民开始放肆起来，做了许多不法之事，等到刘毅被消灭，他开始有了兔死狐悲之感，怕刘裕对付自己，于是有了反刘裕之心，他对人说：“‘昔年醢hǎi（酷刑，把人剁为肉酱，西汉开国功臣彭越就死于此刑，这里是以彭越比喻刘毅，以韩信比喻自己）前年杀韩信’祸其至矣！”（已经杀了刘毅，现在恐怕就要杀我了，大祸就要来了！）他暗中对刘裕的副手刘穆之试探道：“民间很多人都说太尉（刘裕）与我不和，是何原因呢？”刘穆之应道：“太尉西征，把家属都托付给了足下，岂能说与你不和？”于是他才稍微安心，诸葛长民又给刘敬宣写信，拉拢他一起反对刘裕，刘敬宣那是刘裕铁丝，岂能答应，马上回信拒绝，并把诸葛长民的信送给刘裕，刘裕见信后说：“阿寿（刘敬宣字万寿，这里是呢称）故为不负我也！”（刘敬宣这样做，是表示不负于我啊！）此时，刘裕已经动了杀机，准备除掉诸葛长民了。他率领人马从江陵东归，一开始和大部队一起走，诸葛长民得到消息和大臣们等了好几天，就是不见刘裕回来，等离建康不远了，刘裕突然甩开大部队，乘轻舟悄悄回到了太尉府。
第二天早上，诸葛长民才听说刘裕已经回来了，他心里就是一惊：怎么不声不响突然就回来了呢？该不会是想对付自己吧？于是他赶紧到了太尉府，刘裕早已暗中布置好了一切，一看诸葛长民来了，上前拉着他坐下就开始聊天，诸葛长民也没反应过来，还乐呵呵跟刘裕聊，正聊得开心呢，刘裕埋伏的一个叫丁旿ǔ的勇士已经从背后用绳子勒住了他的脖子，诸葛长民一挣扎，从胡床（一种可折迭的坐具，类似今天的马札儿，因为是胡人最早使用的，所以谓之胡床）上摔到地下，丁旿又在地下把他打死，诸葛长民的弟弟诸葛黎民很勇武，力战而死，小弟弟诸葛幼民逃到山里，最终也被杀掉了。
收拾完这俩政敌，刘裕开始准备消灭割据四川的谯纵了，早在诸葛长民倒台的前夕，刘裕已经开始准备了，义熙元年、义熙三年那两次次攻蜀不顺，这些年也一直没空儿来灭了他，现在终于有空儿了，义熙九年，413年二月，刘裕派当时名望地位都不高的朱龄石为帅，统兵两万伐蜀，以臧熹、蒯恩、刘钟三人为副将。
临行前，刘裕与朱龄石讨论作战计划，刘裕说：“刘敬宣往年出黄虎，无功而退。贼谓我今应从外水往，而料我当出其不意，犹从内水来也。如此，必以重兵守涪城，今四川绵阳，以备内道。若向黄虎，正陊（duò，落入、陷进）其计。今以大众自外水取成都，疑兵出内水，此制敌之奇也。”（刘敬宣上回从黄虎取道内水（指今天的涪fú江及其下游嘉陵江）进攻，没能成功。按正理我们应取道外水（指今天的成都市府河及其下游岷mín江）敌人也许认为我们会出其不意仍然从内水进攻。这样一来，他们肯定会用重兵守卫涪城（今四川绵阳东）以防内水。所以我们如果再从黄虎走，一定正中其计。我想不妨布置少量疑兵取道内水，而以大军从外水直取成都，必能出奇制胜。”为了怕泄密被敌人知道，刘裕特地写了封信，封好后交给了朱龄石，上面写着：至白帝乃开（这可以算是刘裕版的“锦囊妙计”诸葛亮的锦囊妙计是虚构，他这可是史实，不过这个妙计执行的将领已经提前知道了，好像缺了那么点儿“料事如神”的感觉）
朱龄石逆流而上，抵达白帝后打开了信，上面写着：“众军悉从外水取成都，臧熹、朱林于中水取广汉，使羸弱乘高舰十余，由内水向黄虎。”（全军主力都从外水攻打成都；臧熹、朱林从中水（今四川彭山方山下入江的绵水口）攻打广汉（今四川射洪南），并派老弱士兵乘十几艘高大舰船，从内水佯攻黄虎。”）
朱龄石得了锦囊，便布置下去，诸军倍道兼行。成都王谯纵果然被刘裕算中，他在得到情报后，认定内水的疑兵就是晋军主力，命令谯道福以重兵镇守涪城，以防晋军从内水攻来。这样一来，朱龄石主力走的进军路线就几乎成了蜀兵不设防的地段，大军很快抵达彭模（今四川彭山东南岷江东岸），离成都只有二百里。谯纵才命侯晖、谯诜shēn率万余兵马驻扎在彭模，隔着外水筑起工事拒守。
朱龄石率领蒯恩、刘钟强攻彭模，力克险峻难攻的彭模北城，斩杀了侯晖、谯诜，转攻南城，一并拿下，斩大将十五人，敌人的防线崩溃，大军于是舍船步进。
臧熹进军至广汉（四川广汉市）时，病死，朱林抵达广汉后又大破谯道福、斩杀谯抚，谯纵闻讯后逃到涪城，被一个叫王志的人斩杀，谯道福还想收众兵一战，士兵们却不愿再听从他的指挥，分了财物各自散去，谯道福投往广汉的僚人部落，也被当地人捉住送给晋军斩首，至此，四川平定，这时，刘裕的敌手只剩下在刘毅之后继任荆州刺史的司马休之了，他在荆州颇得人心，这引起了刘裕的疑忌，但刘裕一时间还没有抓到他的把柄，只能暂时忍耐。
除了消灭异己外，刘裕还在义熙九年实行了土断，所谓的土断，还要从北方的大族侨迁到南方说起，自晋怀帝永嘉年间（307——313年）开始，北方的汉族民众因为战乱之故，在士族豪门的带领下纷纷南渡，去投奔琅琊王司马睿，也就是后来的晋明帝，因为这些人大多是有势力的大族，东晋朝廷为了安置他们，出台了一项政策，叫“侨置郡县”什么意思呢？就是你原来在北方是哪个郡县的，那么到了南方以后，就在你的现居住地划出一部分土地设立一个郡或县，还叫原来的名字，比方说，如果是从北方的上党郡侨迁到南方的会稽郡，那么就在会稽郡的辖境内，划出一部分土地，设立一个上党郡，因为是安置侨迁大族的郡县，所以这种郡县就叫做侨郡、侨县，而这部分南渡的人就被叫做侨人，侨人的户籍叫“白籍”不编入正式的户籍，不负担国家的赋税，这样就带来很大的麻烦，因为北方不断有人侨迁来到南方，这样就需要不断的设置侨郡、侨县，这就造成了郡县越来越多，而地盘儿越来越小，国家的赋税收入越来越少的怪现象，另外郡越来越多，也造成数个郡的政（百度滚）府同驻一县的情况，这样治理起来就非常麻烦，政出多门，很多事情都不知该归哪个郡府管，这就需要进行土断，土断就是撤销侨郡、县，把侨人编入“黄籍”也就是国家正式户籍中，以便于管理，增加财政收入，但是，因为不断有人南渡，需要不断设立侨郡、县，也就需要每隔数十年进行一次土断，土断政策贯穿整个东晋、南朝。
义熙十年，414年，收拾司马休之的借口终于被刘裕找到了，司马休之有个儿子叫司马文思，他继承了伯父谯王的爵位，住在京城，这个小子公子哥儿脾气，行为轻浮放纵，经常触犯刘裕颁布的法令，于是也就时不时被衙门传讯到堂吃官司，司马文思非常不爽，加上他对刘裕大权独揽也有意见，招集了一批人打算反抗刘裕，而刘裕也想收拾他，三月，有人参奏司马文思擅自打死国家官员，刘裕诛杀了他的党羽而宽恕了司马文思，把他送到了江陵，让司马休之看着办，司马休之知道刘裕是冲着他来的，但他装糊涂，只是上表要求引咎辞职，革除儿子的爵位，刘裕一见大怒，决定对他动真格儿的，在第二年的正月，把他的次子司马文宝、侄子司马文祖抓到大牢里赐死，亲率大军西征，自己兼任了荆州刺史。
刘裕出征后，刘敬宣的参军司马道赐和他的同僚闾道秀、小将王猛子等就想举兵响应司马休之，恰好此时，刘敬宣召闾道秀议事，让左右从人都退下去，王猛子一见有机可乘，就尾随刘敬宣入密室，用他的佩刀杀了他，刘敬宣亡年四十四岁，刘裕知道后大哭不止，非常悲痛，更加痛恨司马休之了。
刘裕听说司马休之的参军韩延之是个人才，有心招降，便给他写了一封密信劝降，结果韩严词拒绝了刘裕，他听说刘裕的父亲刘翘字显宗，就把自己的字改做显宗，以表示对刘裕的蔑视。
三月，刘裕率军抵达江陵，与司马休之联合的雍州刺史鲁宗之派他的儿子鲁轨袭杀了江夏太守刘虔之，刘裕于是又派自己的女婿徐逵之，让他率领参军蒯恩、王允之、沈渊子为前锋，从江夏口（即长江与夏水的汇合处，今湖北监利西）出兵进攻鲁轨，两军在破冢（今湖北江陵东南一带）交战，徐逵之等人战败身亡，只有蒯恩的军队勉强守住。
刘裕的大军抵达了马头（今湖北公安西北），就得到了连败两阵、女婿战死的消息，他勃然大怒，立即指挥诸军渡江，直扑西岸的江陵。这一带的江岸都是数丈高的悬崖峭壁，鲁轨与司马文思领兵四万把守，在悬崖上排下阵势，刘裕的军队根本无法上岸。刘裕披挂整齐，准备亲自登岸，众将苦谏不听，主簿谢晦（这个谢晦是那个中领军谢混的侄子，最初是孟昶的参军，孟昶死后，刘裕问刘穆之：“孟昶的属下里，谁堪入我府中呢？刘穆之举荐了谢晦，刘裕就让谢晦担任了他的参军，一次刘裕讯问案件，这天早上主管刑事案件的参军病了，就让谢晦代替他当班，谢晦在上班的车中匆匆看了一遍案卷，在刘裕问他时居然一点儿也没有出错，刘裕很欣赏他的才能，当即就让他主管刑事案件，义熙土断时，他分管扬州和豫州的土断，以公平着称，而且他长得还非常帅，文才非常出众对刘裕忠心耿耿，因此刘裕非常喜欢他，这次征司马休之，就让他随军担任主簿，就是秘书长）上前一把抱住刘裕，刘裕也急眼了，怒道：“我斩卿！”谢晦说：“天下可无晦，不可无公，晦死何有！”（天下可以没有我谢晦，不可以没有公，我死了又有什么关系呢？！）刘裕这才稍息怒火，他命令建武将军胡藩登岸，胡藩用刀尖在峭壁上刺出一个个小的凹槽，正好可以容下脚指，由此一步步往上攀爬（可见胡藩是攀岩运动的早期开拓者）。随后的部众越来越多，跟着他奋勇上岸，与司马文思等人的军队展开肉搏战。
荆州的军队没见过如此勇猛的架势，很快被击退。刘裕乘胜猛攻，司马休之的军队溃败，江陵被攻克。
司马休之、鲁宗之北逃，并派人向后秦和北魏求救，鲁轨则据守石城（今湖北钟祥），以期作最后一搏，却被刘裕部下赵伦之、沈林子击败。
司马休之、鲁宗之两对父子，以及那位誓死反刘的韩延之等一干人只好投奔后秦，宗室司马休之再度被迫离开了故国。
刘裕取得了权力斗争的最后胜利，他被加封太傅、扬州牧，享受
“剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名”（剑履上殿，带剑穿鞋上殿，按当时一般规定，上朝时不得带武器，也不能穿鞋，因为当时还没有椅子，都是席地而坐，入室内就要脱鞋。
入朝不趋，趋是快步走，表示对君主的尊敬，不趋就是不用快步走。赞拜不名，臣子见皇帝，要有专门的礼官报出他的姓名，赞拜不名就是在见皇帝时礼官不报他的姓名）最高待遇。
义熙十二年，416年正月，他又被加封平北将军、兖州刺史，并增加都督南秦州，总共都督的州数达到了二十二个，三月又被封为封为中外大都督，至此，刘裕已是名义上的
“一人之下”，实际上的
“万人之上”，可以为所欲为了，恰好此时后秦君主姚兴去世，他的儿子姚泓善良懦弱，没有什么能力，后秦政局不稳，刘裕一见有机可乘，于是准备第二次北伐。
义熙十二年八月，刘裕开始北伐，他的作战计划是从秦、晋边境的兖州、徐州、荆州等处多点进攻，由东、南两个方向对后秦形成半圆形的合围架势，一举拿下关东地区，继而齐攻潼关。
晋军共分为五路，由步军、水军两部分组成：第一路为步军前锋，由龙骧将军王镇恶与冠军将军檀道济率领，自淮水、淝水开往许昌、洛阳方向；第二路由新野太守朱超石、宁朔将军胡藩率领，自襄阳进攻阳城（今河南登封东南），策应前锋主力；第三路由振武将军沈田子、建威将军傅弘之率领，自襄阳进攻武关（今陕西商县西南）；第四路为水军，由建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领，出石门（今河南荥阳西北），自汴水入黄河，直逼洛阳；第五路也是水军，是由北兖州刺史王仲德统领的前锋诸军，开通巨野泽（今山东巨野北）入黄河。
五路大军并进，气势如虹。后秦的统治中心在关中，关东地区是姚兴当年乘着东晋内乱夺来的，不过十几年的时间，兵力相对薄弱。
王镇恶与檀道济的这一路进入后秦国境内，所向披靡，连战连捷。秦军毫无抵抗的决心，将领王苟生以漆丘（今河南商丘东北）降王镇恶，徐州刺史姚掌以项城降檀道济。
其余要塞守兵，大多望风而降，只有新蔡太守董遵死守，也被檀道济轻松拿下，董遵被虏杀。
檀道济继续进兵，攻克许昌，擒获后秦颍川太守姚垣及大将杨业。
沈林子一路也顺利地攻克仓垣（今河南开封西北），后秦的兖州刺史韦华只得投降，同时王仲德也率军西上，逼近了北魏的滑台（今河南滑县东），北魏兖州刺史尉迟建率军弃城逃走，王仲德兵不血刃拿下滑台。
在此前一年，姚兴把自己的女儿嫁给了北魏明元帝拓跋嗣为皇后，因此拓跋嗣对晋军攻后秦非常愤怒，立即派 叔孙建、公孙表引军渡河，斩杀尉建，兵临城下，向王仲德喊话，质问他为何入侵魏国。
王仲德明白此时不能得罪北魏，于是让自己的司马竺和之登城答话，表示晋军攻打后秦只是为了清扫晋室皇陵，无意和北魏为敌，自己只是占据此城休整而已，刘裕也亲自写信道歉，此时的北魏也是刚刚平息上党的叛乱，一时间还不想和晋军冲突，再说王镇恶、檀道济这路人马，两人都是名将，一路连战连胜，很快逼近了洛阳，洛阳的守将是姚洸guāng，他不听部下赵玄的劝告，没有固守金墉城（这个在讲杨皇后时讲过）而是分兵把守各个要害，结果被晋军各个击破，最后只得投降。
正当外敌入侵时，后秦宗室并州牧姚懿yì又起兵作乱，意欲废姚泓自立，姚泓的精兵强将，不得机会对付晋人和夏人，白白消耗在平定内讧的战争中。可怜的姚泓，居然在正殿朝见百官的时候，忍不住心中的苦痛，和大臣们一起放声痛哭。
王镇恶为了安抚人心，把所有俘虏全部遣散，这一行为在当时来说是相当难得的，攻破了洛阳，刘裕春风得意，于是派左长史王弘回建康索要九锡，东晋朝廷自然是答应了，而且还划出十郡为宋国，封刘裕为宋公，刘裕姿态很高，辞而不受，遣散他只是想试探一下朝廷的反应，其意不在九锡，那只是个形式而已，刘穆之此时才发现自己的主公原来是想篡位自立，而自己却为他效力多年，一时又气又愧，不几时居然一病不起。。。。（刘穆之比较类似曹操手下的谋臣荀彧yù，同样才能很强，政治立场上呢，说得好听是忠于前朝，说得难听是十分迂腐。在乱世之中，这样的人恐怕是活得最郁闷最痛苦的）
再说后秦方面，这时姚泓真急眼了，急忙派人向北魏求救，明元帝拓跋嗣召集群臣商议，大家都说：“潼关是天险，刘裕以水军攻取是很难的，如果他登岸北侵就容易了，刘裕声言是伐秦，但其志难测，而且后秦和北魏是姻亲，不能不去救援，应该发兵阻断黄河上流，阻止他西进”只有博士祭酒（一种学官，始于东汉，职责是教授儒家经典）崔浩说：“刘裕图谋后秦已经很久了，现在姚兴已死，姚泓懦弱，国内也不太平，刘裕趁此危急时伐秦，是志在必取了，如果阻断上流，那么刘裕大怒之下，肯定会上岸北侵我国，那就成了咱们代秦受害了，现在柔然族还在进攻边境，粮食又歉收，如果再和刘裕为敌，则北方的柔然族就会深入边境，救援北方则南面的州郡又会有危险，这并非是良计，不如借给他道，然后在东面屯兵阻他的退路，如果刘裕能攻下后秦，肯定会感激咱们借道给他，如果攻不下呢，咱们也不失救秦之名。”拓跋嗣想来想去，觉得不妥，还是派了十万步骑兵驻守黄河北岸，静观其变。
刘裕对驻守在北岸的魏军很恼火，魏军采取“敌进我退，敌退我攻”的策略，一遇有被风吹到北岸的晋军船只，魏军马上攻击，等到刘裕追来，魏军又马上退走，搞得刘裕很郁闷，于是决定给魏军一点颜色看看，他派那个丁旿带上七百个士兵，一百辆兵车，冲上北岸。在离岸一百来步的地方，用兵车摆了一个叫做“却月”（就是新月形的阵）的半圆形阵势，两头靠着河，每辆车上坐七个士兵，然后在阵中竖起一根白羽毛。魏军搞不懂这阵势，也不敢乱动。忽然，却月阵中的白羽毛举起，刘裕的将军朱超石便率领两千个士兵带着一百张大弩，冲到阵中，每车增加了二十人，每车站列二十甲士，左右前后列大盾掩护这时魏军有三万多人，全是骑兵，感觉有把握对付晋军，于是开始攻击，此时刘裕命令准备好一千多把长槊，每把槊断开成三四尺，装在弩上，用铁锤敲击发射，大弩的力道非常强劲，这一截断矛射出，就能洞穿三四个魏军，魏军从没见过这样的阵法和武器，一时间被打得狼狈不堪，纷纷溃散，晋军乘胜追击，斩杀数千魏军！拓跋嗣得报，才后悔不听崔浩的劝告，但是他对刘裕能否克秦仍然有疑虑，于是问崔浩，崔浩说：“昔日姚兴好虚名而不务实，姚泓又懦弱多病，兄弟相争，刘裕乘其危难而伐，兵精将勇，肯定他必定能攻克”拓跋嗣又问：“刘裕何如慕容垂？”崔浩说：“裕胜”拓跋嗣又说：“试言其状”崔浩说：“慕容垂承父祖世君之资，生便尊贵，同类归之，如飞蛾赴火，少加倚仗，便足立功，刘裕奋起寒微，不阶尺土，讨灭桓玄，兴复晋室，北擒慕容超，南摧卢循，所向无前！非其才之过人，安能如是乎？”（拓跋嗣问崔浩：“刘裕比慕容垂怎样？”崔浩说：“刘裕胜过慕容垂”拓跋嗣问：“那你说说原因吧”崔浩说“慕容垂承受父祖世代为君主的资本，生来就尊贵，他的同族多归附于他，就像是飞蛾扑火那样，只要少加倚仗就足以建立功业，而刘裕出身贫寒，家世低微，连一尺土地的资本也没有，却能够讨灭桓玄，兴复了东晋皇室，北方擒慕容超，南方摧破卢循，所向无前！如果不是他的才能过人，怎么能够这样呢？”于是拓跋嗣不再阻拦刘裕。
王镇恶、檀道济、沈林子等人，乘此机会，王镇恶进军潼关，檀道济、沈林子则从陕城（河南三门峡市西）北渡黄河，进攻蒲阪bǎn（今山西省运城市永济县虞乡）一时无法攻克，于是沈林子劝檀道济与王镇恶合兵攻潼关，三员大将会师，潼关很快被攻下，守将姚绍战败退守 三员大将再度会师，晋军顿时奋勇无敌，很快就夺取潼关，后秦守将姚绍战败退驻定城（今陕西潼关西），依险拒守。姚绍出兵断晋军粮道，封锁水路，都被沈林子挫败。姚绍守了一个月，又派长史姚洽、宁朔将军安鸾等人率兵两千在九原（今山西新绛北）一带设立河防，以期再次通过绝断晋军粮援的方式迫其退军。沈林子出兵在半道拦击，将秦军兵将攻杀殆尽。可怜的姚绍，听说姚洽兵败身死，又气又愧，吐血而死。东平公姚瓒zàn代行兵权，引兵攻袭仇敌沈林子，又被击败。
随后，刘裕抵达陕城，沈田子、傅弘之等人进驻青泥（今陕西蓝田）姚泓打算亲征，又怕沈田子抄他后路，就打算先干掉沈田子的人马，再兵出潼关与晋军决战，沈田子的人马才一千来人，本来是作为疑兵用的，傅弘之稳重，听说姚泓亲率数万大军前来，就打算退兵，但沈田子说：“用兵贵在用奇谋，不在于人马众多，等他们列好阵型，咱们想逃也不可能了，现在敌军刚到，他们的阵型还没有列好，咱们先发制人，肯定可以立功！”于是他对士兵们说：“诸君冒险远来，正求今日之战，死生一决，封侯的功业就在于此战了！”士兵们一听，顿时来了精神，无不以一当十，奋击后秦军，后秦军大败，姚泓狼狈奔逃回灞bà上（陕西省西安市东南，蓝田西）刘裕大军到达潼关，王镇恶请求率领水军自黄河进入渭水，直取长安，刘裕同意。后秦恢武将军姚难自香城（今陕西朝邑东）回救长安，王镇恶率兵沿渭水追击。姚泓见状，从灞上引兵回屯石桥（今长安城洛门东北），救援姚难。王镇恶派部将毛德祖进击姚难，取得大胜，阵斩镇北将军姚强，姚难逃往长安。姚泓慌忙调姚丕守渭桥，以阻止王镇恶上岸，这哪里还能挡得住气吞万里如虎的晋军？王镇恶率大军在渭桥边弃舟上岸，背水一战，大败姚丕。姚泓等人前来救助，一头撞上溃败的姚丕败兵，秦军士卒自相践踏，一败涂地，姚泓本人单骑还宫。
王镇恶从平朔门攻入长安。第二天，无路可走的姚泓率领自己的后妃、皇子以及文武百官齐刷刷地跪倒在门前，向趾高气昂的王镇恶请降，曾一度称霸关中的后秦国灭亡。
刘裕对待敌人依旧毫不手软，把姚泓送到建康斩首，剩下的宗室除了姚兴一个侄女因为漂亮被刘裕纳为妾室外，其他人一律被杀，姚泓的小儿子姚佛念在姚泓出降之前自己从宫墙上跳下而死。
刘裕来到灞上，对前来迎接他的王镇恶说：“成吾霸业者，卿也！”王镇恶说：“这都是明公之威，诸将之力，我王镇恶又有什么功劳呢？”刘裕笑着说：“卿欲学冯异么？”（冯异是汉光武帝刘秀的大将，为人非常谦逊，诸将都谈论自己的功劳时，他总是沉默寡言，所以得了个“大树将军”的外号）这王镇恶虽是一代名将，却有个很大的毛病：贪婪，后秦府库充盈，王镇恶派手下军士盗取私拿，不计其数。刘裕对此一清二楚，“以其功大，不问”。当有人告称王镇恶私藏姚泓的御辇niǎn（君主乘坐的车）时，刘裕派人暗中观察，派出之人回报，王镇恶只是贪图御辇上的珍宝装饰，悉数剔取后，御辇架子被扔弃在墙角，刘裕这才放心。
刘裕原先意向，是欲留在长安，准备经营西北，一统北方，“而诸将佐久役思归，多不欲留”留至年底，刘裕又得知留守在建康的心腹刘穆之病死的消息，这刘穆之一死，刘裕就失去了大总管，后方最得力的助手没有了，勉强提拔了刘穆之的副手徐羡之，代任其职。就“留守京师”这一职责，徐羡之很不够格，原先刘穆之一个人就可以搞定的事宜，都得送到关中请示刘裕了，在这种情况下，刘裕开始准备回南方了，其实，刘裕回南的主要原因一是因为刘穆之去世，后方没了得力助手，二也是因为他自己对帝位的渴望与野心，此时诸将出征才一年的时间，谈不上“久役”而且关中地区非常富饶，打下后秦又得了许多战利品，从大将到士兵都已发足了财，说思归怕是不那么靠谱儿的，最根本的原因，还是因为刘裕对帝位野心已经超越了建功立业的宏图大志了。
决定了南归，刘裕就开始安排留守长安的人事部署，他让随军的次子刘义真留下，担任都督雍梁秦三州诸军事、兼雍、秦二州刺史、安西将军，封王镇恶为安西司马、冯翊yì太守（行政区名，始于汉代，辖数郡，属于中央直辖行政区）与刘裕的参军王修共同在长安辅佐刘义真。另外刘裕还留下了沈田子、毛德祖、傅弘之等人，处理军务要事。
这些人，能力都不错，但有个问题，没有团队精神，谁都不服谁，这次北伐王镇恶功劳最大，再加上他的祖父王猛在北方也很有影响力，所以沈田子等人就很妒忌他，屡次对刘裕说王镇恶不可信任，刘裕这时却犯了糊涂，他对沈田子说：“当年三国时的钟会在四川叛乱不成，是因为有卫瓘guàn在，俗话说‘猛兽不如群狐’，你们十几个人，还怕对付不了一个王镇恶么？”
所谓“疑人不用，用人不疑”刘裕既然对王镇恶不放心，就应该带他一起南归，如果信任他，就应该严厉斥责沈田子，或者带沈田子南归，既把镇守关中的大任交给王镇恶，私下却又对沈田子这样说，这等于是支持内讧。。。唉！从这一点来看，刘裕识人、用人的能力比曹公差得多了。
沈田子素来就与王镇恶不睦，这下得了刘裕的暗示，就开始暗中准备对付王镇恶了，义熙十三年底，刘裕离开长安率军南归，夏王赫连勃勃一直想占领关中，听说刘裕走了，马上和大臣王买德商量如何攻占关中，王买德说：“关中形胜之地，而裕以幼子守之，狼狈而归，正欲急成篡事耳，不暇复以中原为意，此天以关中赐我，不可失也，青泥、上洛（今陕西商县）南北之险要，宜先遣游军断之，东塞潼关，绝其水陆之路，然后传檄三辅（汉代的行政区划，这里指关中）施以威德。则义真在网罟gǔ（渔网）之中，不足取也！”
（关中是地理位置优越的险要之地，而刘裕却让自己的幼子镇守，狼狈而归，是因为他急于回去篡位，无暇顾及中原了，这是天赐关中给我们，不可失去， 我们应该出兵截断青泥、上洛这两处南北的险要，再在东面堵住潼关，阻拦水陆两路，然后传檄关中，对老百姓威德并施，那刘义真就好像在渔网之中，要擒住他毫不费力！）
赫连勃勃依其计，派世子抚军大将军赫连璝guī率骑兵两万为前锋，杀向长安，前将军赫连昌进攻潼关，切断晋军通道，王买德进驻青泥，赫连勃勃亲率大军为后继。
东晋义熙十四年，418年正月，赫连璝的骑兵到达渭水以北，逼近长安北门，一路上的关中降民不计其数。东晋的长安守军并无战心，沈田子前往抵抗，却怯敌不进，退守在长安城外的刘回堡，派人还报王镇恶。
王镇恶得报后，对王修说：“刘公把十岁的儿子托付给我们，应该共同想着竭力报效，现在拥兵不前，怎么能破敌呢？”不久，王镇恶与沈田子一同出城抵抗赫连。沈田子让人在军中散布谣言：“王镇恶要尽杀南方人，据关中造反啦！”接着，他便借故将王镇恶召集到傅弘之帐中议事，乘机将其杀死。
傅弘之得到消息，回报刘义真与王修。王修登长安北城张望，见沈田子带着十来个人回城，当即命手下人按住沈田子，历数他擅杀大将之罪，然后斩首。一场内讧使东晋平白损失两员强将，幸亏傅弘之率部大败赫连璝，一直追到寡妇渡（今甘肃庆阳北），暂时打退了夏军，才稳定住了局势。
刘义真是个小孩子，对左右亲信赏赐无度，王修为人正直，经常规劝他，抑制他的赏赐，刘义真的亲信们非常怨恨王修，于是对刘义真说：“王镇恶想造反，所以沈田子杀了他，而王修又杀了沈田子，他也是想造反的！”于是刘义真又把王修杀了，这下子搞得长安人心惶惶，局势开始不稳，刘义真发现不妙，就把许多在外地镇守的军队调入长安，如此一看，关中的守备力量被大大削弱，于是关中的大部分郡县都投降了赫连勃勃的夏国，赫连勃勃又攻克了咸阳，长安连打柴的路都被阻断了。
刘裕闻讯，派派蒯恩去长安召回刘义真，之后又派朱龄石代刘义真镇守长安，派朱超石去河东等地劳军，朱龄石的部队刚到长安，刘义真知道马上就要回江南了，于是开始大肆掳掠财物，车辆列为方阵徐徐而行，赫连勃勃派赫连璝率三万人追击，傅弘之劝刘义真轻装疾行，无奈刘义真不听，退到青泥，撞上了早在这里等候多时的王买德，回头一看，赫连璝也已经到了，晋军哪里是对手，顷刻崩溃。傅弘之、蒯恩断后，掩护刘义真先走，两人都被王买德所擒。刘义真马快，走在前面，后来又躲进草丛里，被中兵参军段宏保护着才逃出了夏兵的追击范围。晋军全军覆没，当初那迷恋财物美女的兵将，终于遭受了贪婪的报应。
报应还不算完，朱龄石也跟着一起受罪，刘义真走后，长安百姓对晋人彻底失去了好感，他们驱逐朱龄石，朱龄石被迫逃往潼关，路上与弟弟朱超石会合，这一趟却又早被王买德算着，赫连昌就驻扎在潼关，他截断晋军水道，将朱氏兄弟生擒，赫连勃勃进驻长安，杀掉了傅弘之、朱龄石等几乎所有的刘裕爱将，只有毛修之投降，保全了性命，至此，北伐的成果几乎全部丧失，刘裕得知此讯后大怒，打算再次北伐，一位名叫郑鲜之的官员上表苦劝，刘裕仔细想想，也觉得现在北伐不合适，于是作罢，不久段宏来信，刘裕知道儿子无恙，也就没了北伐的念头，只是流着眼泪登城北望。
回过头来再说刘裕，他回南后，开始加紧夺权的步伐，418年12月，晋安帝司马德宗患病，刘裕趁此机会，命中书侍郎王韶之勒死了晋安帝，立他的弟弟司马德文为帝（刘裕立他的原因，是因为民间有谶chèn（预言）语流传说“昌明之后有两帝”昌明是晋孝武帝司马曜yào的字，古人对这些迷信的东西比较相信）改元为元熙，元熙元年，419年8月，刘裕晋封为宋王，次年正月，刘裕想接受禅位却不好意思直接说，于是召集群臣宴饮，在宴席中刘裕说：“桓玄篡位，鼎命已移，我首唱大义，兴复帝室，南征北伐，平定四海，功成业着，遂荷九锡。今年将衰暮，崇极如此，物忌盛，非可久安，今欲奉还爵位，归老京师”
（桓玄篡位时，晋朝的命数已经转移了，鼎命，鼎代表最高权力，我首倡大义，起兵兴复了晋朝皇室的江山，南征北伐，平定四海，已经成就了功业，遂受了九锡。现在我年纪大了，地位如此崇高，已经达到了极限，事物都忌讳太盛，这样不是可以久安的，现在我想奉还爵位，在京师养老）群臣不知他什么意思，只有纷纷称赞他的功德，晚间宴会结束时，中书令傅亮离开王府后，醒过神来，马上又返回王府面见刘裕，只说了一句：“臣暂宜还者”（臣应该马上返回都城）刘裕也只说了一句：“需几人自送？”（需要几个人跟随）傅亮说：“数十人可也！”于是傅亮立即返回建康操办，6月，刘裕奉诏抵达建康，傅亮入宫，让晋恭帝把事先准备好的禅位诏书抄一遍，晋恭帝欣然拿笔写好了诏书，对左右说：“桓玄之时，晋室已无天下，今日推国与宋王，本所甘心！”
（桓玄篡位时，晋朝就已经失了天下，现在把国家让给宋王，本来就是甘心情愿的！不过，刘裕并没有因此放过他，刘裕即位后，封他为零陵王，过了一年多就派人把他杀了）随后，刘裕就在建康即皇帝位，改元为永初，刘裕当了两年的皇帝，在这年的时间里，他下了不少有利百姓的政令，比如下令减免赋税，裁减各地冗余的地方官员，改革苛刻的刑法，恢复学校与考试制度，一系列措施对于整个社会的安定都起到了积极的作用。东晋末年南方内乱不断，人民流离失所，百姓急需一个宽松的环境休养生息，南方在后来的三十年间形成“元嘉之治”，刘裕开的好头功不可没。
422年6月26，刘裕在皇宫西殿驾崩，时年59岁，庙号为高祖，谥号为武皇帝，所以一般称他为宋武帝，刘裕临终前，指定徐羡之、傅亮、谢晦和檀道济四位为顾命大臣，托以朝廷大事。吩咐完毕，刘裕还不放心，又屏退众大臣，叮嘱刘义符说：“檀道济这个人有些才干谋略，但终究一介武夫，没有大的志向。徐羡之、傅亮两个都是理政的人，应该不会有别的想法。唯独谢晦，几次跟着我征伐，颇懂机谋，若说有异心的，那就是此人，你需要多多防备。”
这番话，就像当初对沈田子说的那番话一样，不但多余，而且贻害无穷。既然害怕谢晦造反，最好的方式就是限制他的权力，至少不能委以大任。一面要让他做顾命大臣，一面又要让太子防着他，而这个太子，又偏巧不用心且没能力，怎么可能做到两全其美？刘裕这些错误的安排为日后的宫廷政变埋下了祸根，当然，这是后话了。
好了，至此，一代传奇英雄刘裕的故事就全部讲完了，最后，让偶们用辛弃疾的那首《永遇乐·京口北固亭怀古》来做结束语吧！
“千古江山，英雄无觅，孙仲谋处。舞榭歌台，风流总被，雨打风吹去。斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住。想当年，金戈铁马，气吞万里如虎。
元嘉草草，封狼居胥，赢得仓皇北顾。四十三年，望中犹记，烽火扬州路。可堪回首，佛狸祠下，一片神鸦社鼓。凭谁问：廉颇老矣，尚能饭否？ ”
（全文完）苦读书 www.kudushu.org
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